법인세 신고,납부기한 안내

◆   지난해 12월에 사업연도를 종료한 법인의 법인세 신고.납부
      기한은 4월 2일(월)입니다.(3월 31일은 토요일)

    - 법인세 분납기한은 일반기업은 5월 2일(수), 중소기업은
       6월 4일(월)입니다.(6월 2일은 토요일)

     * 납부할 세액이 1천만원을 초과하는 경우 납부기한이 지난
        날부터 1개월(중소기업  2개월)이내에 분납할 수 있음

일자리창출기업 정기세무조사 제외 안내

                                                                                       Ⅰ. 사전 검토할 기본사항
                                                                                       Ⅱ. 세무조정의 순서
                                                                                       Ⅲ. 계정과목별 검토 및 숙지사항

Ⅰ. 사전 검토할 기본사항

1. 사업연도 월수의 확인·업종의 파악·중소기업 해당 여부·수도권 소재 여부 등의 검토

2. 전기 이전 사업연도에 대한 경정결정 또는 수정신고 등에 대한 수정회계처리 및 자본
금과 적립금조정명세서(을)의 수정여부의 검토

3. 보험료 및 지급이자 등에 대한 선급비용의 대체 여부 확인

4. 가지급금 및 가수금 또는 주 · 임 · 종 채권 및 채무의 존재 여부와 그에 대한 소비대
차약정서가 존재하는지의 여부 파악

5. 세금과 공과 및 수선비 중 자본적 지출에 해당하는 취득세 등이 있는지의 여부 확인

6. 법인에 지급이자가 존재하는 경우에는 업무무관자산 또는 가지급금이 있는지의 여부
를 확인

7. 이자수익 중 미수수익으로 계상한 금액이 있는지의 여부 확인

8. 유가증권에 대한 평가손익이 계상되어 있는지의 여부 확인

9. 매출할인 및 에누리 등을 매출액에서 직접 차감하였는지의 여부 확인

10. 무형자산의 존재여부 확인

11. 자본변동사항의 확인

12. 이익잉여금처분계산서 및 손익계산서상 전기오류수정손익이 있는지의 여부 확인

(1) 당기 손익에 반영한 경우

(2) 이익잉여금에 반영한 경우

13. 자본금의 증자 여부 및 주주의 주식이동 여부 확인

Ⅱ. 세무조정의 순서

1. 표준대차대조표 ·표준손익계산서 ·부속명세서 및 이익잉여금처분(결손금처리)계산
    서의 작성

(1) 일반법인

(2) 금융·보험·증권업을 영위하는 법인

2. 자본금과 적립금조정명세서(갑)[별지 제50호 서식(갑)] ·자본금과 적립금조정명세서
(을)[별지 제50호 서식(을)]의 기초자료의 이월작업 수행

3. 중소기업기준검토표[별지 제51호 서식]의 작성

4. 소득금액조정합계표[별지 제15호 서식] ·과목별 소득금액조정명세서(1)[별지 제15
호 서식 부표1]·과목별 소득금액조정명세서(2)[별지 제15호 서식 부표 2]의 작성

5. 공제감면세액 등에 대한 세무조정

6. 최저한세조정계산서[별지 제4호 서식]와 특별비용조정명세서[별지 제5호 서식]의
작성

7. 원천납부세액명세서(갑)[별지 제10호 서식(갑)] ·원천납부세액명세서(을)[별지 제1
0호 서식(을)]의 작성

8. 법인세 과세표준 및 세액조정계산서[별지 제3호의 서식]의 작성

9. 주요계정명세서와 주식 등 변동상황명세서의 작성

10. 농어촌특별세 과세표준 및 세액조정계산서 등의 작성

11. 법인세 과세표준 및 세액신고서[별지 제1호 서식]와 농어촌특별세 과세표준 및 세
액신고서[별지 제2호 서식]의 작성

12. 기타 서식의 작성 : 세무조정의 마감

Ⅲ. 계정과목별 검토 및 숙지사항

       중소기업에 대한 특별세액감면(2009년 귀속 법인세 신고)
 
                                                             [필 자 註]
   2009년 사업연도 귀속 법인세신고에 적용되는 중소기업 특별세액 감면에 대하여 관련 법령규정과 해
   석사례를 검토하기로 한다.
 

I.  중소기업 특별세액감면의 개요

 중소기업 특별세액감면제도는 조세특례제한법 제7조 제1항 열거하는 업종의 중소기업에 대하여 소득
세·법인세를 일정한 비율로 감면해주는 제도이다. 지역경제 활성화를 위해 지방중소기업에 대해서는 지
원대상기업과 감면비율을 보다 확대하여 적용하고 있다. 중소기업에 대한 특별세액감면제도는 2011년1
2월31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생하는 소득에 대한 소득세·법인세에 적용
한다[조특법7①].

II.  적용대상 법인

1.  적용대상업종

 다음의 업종을 영위하는 내국인 중 조세특례제한법상의 중소기업이 「중소기업에 대한 특별세액감면
」을 적용 받을 수 있다[조특법7①]. 2008년12월26일 개정에서 제9차 한국표준산업분류를 기준으로 재
분류되었다.

(1)  적용대상 업종

① 작물재배업
② 축산업
③ 어업
④ 광업
⑤ 제조업
⑥ 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다), 원료재생 및 환경복원업
⑦ 건설업
⑧ 도매 및 소매업
⑨ 운수업 중 여객운송업
⑩ 출판업
⑪ 영화ㆍ비디오물 및 방송프로그램 제작업, 영화ㆍ비디오물 및 방송프로그램 제작 관련 서비스업, 영
    화ㆍ비디오물 및 방송프로그램 배급업, 오디오물 출판 및 원판녹음업
⑫ 방송업
⑬ 전기통신업
⑭ 컴퓨터프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업
⑮ 정보서비스업
(16) 연구개발업
(17) 광고업
(18) 그밖의 과학기술서비스업
(19) 포장 및 충전업
(20) 전문디자인업
(21) 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)
(22) 시행령으로 정하는 주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업
(23) 엔지니어링사업
(24) 물류산업
(25)「학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 직업기술분야를 교습하는 학원을 영위하
        는 사업
(26) 자동차정비공장을 운영하는 사업
(27)「해운법」에 따른 선박관리업
(28)「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업(의원ㆍ치과의원 및 한의원은 제외한다. 이하  "의료업
        "이라 한다)
(29)「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점 및 외국인전용유흥음식점업은 제외한다.)
(30)「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업
(31)「전시산업발전법」에 따른 전시산업
(32) 인력공급 및 고용알선업
(33) 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업
(34)「에너지이용 합리화법」제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업
[주]: (32) ∼(34) 업종추가에 대한 개정규정은 2010년1월1일 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다[
        2010.1.1. 법률 제9921호 부칙1, 2].

(2)  적용대상 업종의 추가 설명

  1)  주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업

 "주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업"이란 위탁자로부터 주문자상표부착방식에 따른 제품생산을 위
탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산ㆍ공급하는 사업을 말한다. (2009.2.4. 개정)

  2)  자동차정비업

 "자동차정비공장"이란 조세특례제한법 시행령 제54조[공장의 범위] 제1항 규정에 따른 자동차정비공
장을 말한다. (2009.2.4. 개정)

(3)  업종분류의 기준

조세특례제한법에서 사용되는 업종의 분류는 조세특례제한법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는
「통계법」제22조 의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다. 다만, 한국표준
산업분류가 변경되어 조세특례제한법 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종은 한국표준산업분류
가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특
례를 적용한다[조특법2③].

2.  겸업하는 중소기업의 경우 업종적용

 조세특례제한법상의 중소기업으로서 감면대상업종을 주업종으로 하지 않는 경우에도 감면대상업종에
한하여 중소기업 특별세액감면을 적용 받을 수 있다.

 조세특례제한법 시행령 제2조의 규정에 의한 중소기업이 같은 법 제7조에 열거된 사업(주된 사업이 아
닌 경우도 포함)을 하는 경우 당해 사업의 소득금액에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 하는 것
이며, 건설업에 해당하는 아파트분양사업은 당해 사업에 대하여 법인세법 제40조에 규정된 손익의 귀속
사업연도에 의하여 계산된 당해 과세연도의 소득금액에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 하는
것임[서이46012－10184, 2002.1.31.].

3.  위탁가공생산의 경우 제조업해당여부

(1)  조세특례제한법 시행규칙 제2조 제1항의 내용

 「제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업」이라 함은 자기가 제품을 직접 제조하지
아니하고 제 조업체(사업장이 국내 또는 개성공업지구에 소재하는 업체에 한한다)에 의뢰하여 제조하
는 사업으로서 그 사업이 다음의 요건을 모두 충족하는 경우를 말한다[2009.4.7.개정].

 ① 생산할 제품을 직접 기획(고안·디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것
 ② 당해 제품을 자기명의로 제조할 것
 ③ 당해 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것

[주]: 2006년4월17일 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제1항의 내용을 개정하면서, 수탁제조업체의 범위를 「사
        업장이 국내에 소재하는 것에 한한다」라고 하여, 조세특례제한법 통칙의 내용을 받아 들였다. 반면에, 2
        008.4.29. 개정 시행규칙에서 개성공업지구도 수탁업체의 소재지 범위에 포함하였다.
[주]: 개성공업지구를 포함하는 시행규칙 개정규정은 2008년4월29일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다[2008.
        4.29. 기획재정부령 제16호 부칙1, 3].

(2)  조세특례제한법 기본통칙의 내용

 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 다른 제조업체(국내기업인 경우에 한한다)에 의뢰하여 제조하
는 경우로서 다음의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제조업을 영위하는 것으로 본다[조특통4－2…4].

 ① 생산할 제품을 직접 기획(고안 및 디자인, 견본제작 등을 포함한다)할 것
 ② 그 제품을 자기명의로 제조할 것
 ③ 그 제품을 인수하여 자기 책임하에 직접 판매할 것

(3)  유의할 사항

 조세특례제한법 시행규칙의 내용과 동법 기본통칙[4-2…4]의 내용에 따라서, 국내의 법인이 국외의 제
조업체에 의뢰하여 위탁제조를 하는 경우에는 국내의 해당 법인이 제조업으로 분류되지 못하고, 도매업
으로 분류된다. 제조업과 도매업은 「중소기업 특별세액감면」적용시에 「감면율」이 다르다는 점에 유
의하여야 한다.

 내국법인이 해외에 있는 제조업체에 위탁하여 제품을 생산하는 경우 조세특례제한법시행령 제2조 제1항의 중
소기업의 범위는 도매업으로 분류하는 것이며, 이 경우 같은법시행령 제6조 제5항의 상시 사용하는 종업원수
가 10명 미만인 경우에는 소기업으로 같은법 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용하는 것임[서면2팀-1309, 2
006.07.12.].

III.  업종별 감면율의 적용 및 감면세액 계산

 중소기업 특별세액감면의 감면율은 당해 중소기업 또는 소기업이 수도권내에서 사업을 영위하는가 그
렇지 않은가에 따라서 다르게 적용하도록 하고 있다[조세특례제한법 제7조 제1항]. 2004년말부터 법률
이 개정되어, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권(“
수도권”)안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 감면비율을 적용한다
[조 특법7①].

1.  수도권내외에 따른 업종별 감면율 구분

(1)  본점 · 주사무소가 수도권내에 소재하는 경우

(2)  본점 · 주사무소가 수도권 외의 지역에 소재하는 경우

[주]：「도매업 등」이란 도매업·소매업·의료업·자동차정비업·관광산업을 말한다. 조특법 개정으로 2010.1.1.이
           후 자동차정비업·관광산업은 「도매업 등」에서 제외되었다.
[주]：「지식기반산 업」의 범위는 다음과 같다.
     ㉠ 엔지니어링사업·전기통신업·연구개발업·컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업
     ㉡ 영화ㆍ비디오물 및 방송프로그램 제작업·전문디자인업·오디오물 출판 및 원판 녹음업·광고업 중
          광고물 작성업
     ㉢ 소프트웨어 개발 및 공급업·방송업·정보서비스업

[주]: 2008년2월22일 개정 조특법 시행령에서 지식기반산업의 범위에 ㉡이 포함되었다. 해당 개정 법령 중 소득
        세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제8827호 조세특례제한법 일부개정법률(이하 "개정법률"이라 한다
        ) 시행[2008.1.1.] 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다[2008.2.22. 대통령령 제20620호 부칙2].
[주]: 2010년2월18일 조특법 시행령 개정에서 상기 ㉠,㉡에 해당 하는 업종의 명칭이 일부 개정되었으며, ㉢에
        해당하는 업종이 지식기반산업의 범위에 포함되었다. 개정 규정은 법률 제9921호 조세특례제한법 일부
        개정법률 시행[2010.1.1.]후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다[2010.2.18. 대통령령 제22037호 부칙2].

(3)  유의할 사항

 법인의 본점이 수도권내에 있는 경우에는 해당 법인의  모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보
아 감면율을 적용한다. 2010년부터 자동차정비업·관광산업은 「도매업 등」에서 제외되었지만, 2009년
사업연도에는 자동차정비업·관광산업을  「도매업 등」으로 분류하어 감면율을 적용한다.「소프트웨어
개발 및 공급업·방송업·정보서비스업」이 지식기반산업에 포함되었지만, 2010년 사업연도에 적용될 내
용이다.
 

2.  수도권의 범위

(1)  수도권의 범위에 대한 법령규정

 중소기업에 대한 특별세액감면에서의 「수도권」의 범위는 수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에
의한 수도권 을 말한다[조특법7①,2①(9)].

(2)  해석사례

수도권정비계획법 제2조 제1호의 수도권이란 「서울특별시와 인천광역시 및 경기도 지역」을 의미한
다[수도권정비계획 법 시행령 제2조]. 따라서 남동공단, 반월공단, 시화공단 등 각종 공단도 수도권에
포함된다[서이46012－10733, 2001.12.14.].

3.  소기업의 범위

(1)  업종구분에 대한 개정

업종별 상시 종업원수를 기준으로 소기업을 판정하는데, 개정된 소기업판정기준을 확인하면 다음과 같
다.

  ① 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우 : 상시 종업원수 100명 미만일 것
  ② 광업·건설업·출판업·축산업·물류산업 또는 운송업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에    
      는 50명 미만일 것
[주]: 2009년2월4일 조세특례제한법 시행령개정으로 「출판업」이 종전의 ①제조업에서 ②로 분류되었다.
[주]: 2009년4월21일 조세특례제한법 시행령개정에서 「축산업」이 종전의 ③[기타 업종]의 분류에서 ②로 분
        류되었다.
 ③ 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

 여기에서 「상시 사용하는 종업원수」는 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자(주주인 임원, 일
용근로자 및 기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 연구전담요원을 제
외한다)수로 하며, 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원
을 기준으로 하여 계산한다[조특칙2②].

(2)  졸업기준 도입

 상기 업종별 상시종업원수의 기준에 해당하더라도 해당 기업의 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소
기업으로 보지 아니한다[조특령6⑤]. (2009.2.4. 개정)

(3)  개정법령의 적용시기 및 적용례

  1)  출판업을 주된 사업으로 하는 경우 2009년 법인결산에서의 적용

2009년2월4일 조세특례제한법 시행령 개정으로「출판업」이 종전의 ① 제조업에서 ②로 분류된 개정규
정은 2010년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다[2009.2.4. 대통령령 제21307호 부칙1,
4]. 따라서 2009년 귀속 법인결산에서는 「출판업」업종을 주된 사업으로 하는 경우에 상시 종업원수가
100명 미만이면 소기업에 해당한다.

  2)  축산업을 주된 사업으로 하는 경우 2009년 법인결산에서의 적용

 2009년4월21일 조세특례제한법 시행령개정에서 「축산업」이 종전의 ③[기타 업종]의 분류에서 ②로
분류된 개정규정은 2009년4월21일이 속하는 과세연도의 소득분부터 적용한다[2009.4.21. 대통령령 제
21429호 부칙1,2]. 따라서 「축산업」을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 2009년 귀속 법인결산에서
상시종업원수가 10명이상이 되더라도 개정 규정에 따라 50명미만에 해당하는 경우에는 소기업으로 인
정되며 「중소기업 특별세액감면」에서 보다 유리한 감면율을 적용받게 된다.

  3)  졸업기준의 적용

 소기업 졸업기준(매출액 100억원 이상에 해당하는 경우 소기업에서 제외하는 규정)의 개정규정은 200
9년2월 4일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다[2009.2.4. 대통령령 제21307호 부칙1, 4]. 따라서
12월말 결산법인으로서 2009년1월1일에 개시한 사업연도에는 해당 졸업기준을 적용받지 아니한다. 즉,
2009년1월1일에 개시하는 2009년 귀속 사업연도에는 매출액이 100억원 이상에 해당하더라도 업종별 상
시종업원수가 소기업기준에 해당하면, 소기업으로서 「중소기업 특별세액감면」규정을 적용받을 수
있는 것이다.

4.  해석 사례

(1)  수도권 안에서 제조업과 소매업을 겸영하는 경우

 수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권 안에서 제조업을 주된 사업으로 하고 소매업을 겸
영하는 중소기업인 법인이 조세특례제한법시행령 제6조 제3항 규정에 의한 “소기업”에 해당하는 경우
조세특례제한법 제7조의 규정에 따라 각각의 감면소득에 대하여 중소기업특별세액감면의 감면율을 적
용하는 것임[서이－1546, 2004.7.21.].

(2)  수도권내에서 수도권 외의 지역으로 이전하는 경우

 ① 수도권안의 법인의 본사를 공장이 있는 수도권외 지역으로 이전하는 경우에는 이전하는 과세연도
부 터 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인에 해당한다[재조예46019－176, 2001.10.20.].

 ② 조세특례제한법 제7조 제1항(2001. 12. 29 법률 6538호로 개정된 것)의 규정을 적용함에 있어서 수
도 권안에서 사업을 영위하는 중소기업이 사업연도중에 본점을 수도권외의 지역으로 이전한 경우 이전
일이 속하는 사업연도의 개 시일부터 같은 항 제2호의 “수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국
인”에 해당하는 것임[서이46012－11528, 2002.8.17.].

(3)  중소기업과 소기업에 대한 유예기간 적용여부

 ① 조세특례제한법 제7조(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)의 중소기업에 대한 특별세
액 감면 규정을 적용함에 있어서 중소기업으로 보는 유예기간의 적용은 같은 법 시행령 제2조의 규정
을 적용하는 것이며, 이 경우 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호[수도권내]의 “소기업”이란 같은 법 시
행 령 제6조 제3항의 요건을 충족하는 기업을 말하는 것으로 중소기업 중 상시 사용하는 종업원수가 소
기업의 기준요건을 초과하는 경우에는 같은 법 제7조 제1항 제1호의 규정에 의한 수도권안의 중소기업
에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없는 것임[서이46012－10002, 2002.1.2.].

 ② 수도권의 소기업이 규모의 증대로 소기업에 해당하지 아니하는 경우 유예기간은 적용되지 아 니하
는 것임[서이46012－10348, 2001.10.12.].

5.  감면세액의 계산

(1)  감면세액의 계산 산식

 법인세 감면을 적용하는 경우에 그 감면되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액
에 감면대상소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율(100%를 초과하지 못한다)을 곱하여 산출한 금액
에 감면율을 곱하여 계산한다[법법59②].

(2)  감면대상소득금액

 위의 산식에서 「감면대상 소득금액」이란 소득구분계산서에서 계산된 감면사업의 과세표준을 의미한
다. 소득구분계산은 바로 「감면대상 사업의 소득(과세표준)」을 산출하기 위한 과정인 것이다.

IV.  감면대상소득금액 및 과세표준의 계산

1.  소득구분계산의 근거규정과 소득구분계산의 개요

(1)  소득구분계산의 근거규정

 중소기업에 대한 특별세액감면은 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 대하여 적용
하는 것이므로 감면사업과 기타 사업을 함께 겸영하는 경우에는 소득구분계산을 하여야 한다. 조세특례
제한법 시행령 제136조에서는 소득구분과 관련하여 법인세법 제113조의 규정을 준용하도록 하고 있고
, 법인세법 시행규칙 제75조·제76조 및 법인세법 기본통칙[113－156…6]에 의하여 소득구분계산이 이루
어진다.

 조세특례제한법 제143조 제1항에 규정하는 사업[감면사업]과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 있어서
조세특례제 한법 시행령 제136조 제1항의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법시행령 제156조 및
같은 법시행규칙 제75조의 규정을 준용하는 것으로 구분경리 대상법인의 익금과 손금의 구분계산은 조
세특례제한법 및 다른 법에 특별히 정한 것을 제외하고는 법인세법기본통칙 113－156…6에 의한다[조
특통143－0…1].

(2)  소득구분계산의 개요

 먼저 감면사업과 기타(과세)사업을 구분하고, 각각의 사업에 개별적으로 배부할 수 있는 개별익금과 개
별손금을 확인하여 직접 배부한다. 그 다음 공통익금과 공통손금을 집계한 후에는 배부기준을 적용하여
감면사업과 기타(과세)사업에 배분한다. 이 경우 주의할 사항은 손익계산서의 수익과 비용만을 배부하
는 것이 아니라, 소득금액 조정합계표의 세무조정항목 및 법인세 과세표준 및 조정계산서의 기부금조정
항목도 배부하여야 하며, 이월결손금·비과세·소득공제도 감면사업과 기타(과세)사업에 구분 배부하여야
한다는 점이다.

(3)  유의할 사항

제조업의 단일 업종을 영위하는 경우에도 소득구분계산서를 작성할 필요가 있다. 영업외수익 중 상당부
분(예 : 이자수익, 수입배당금 등)은 감면대상 사업의 소득으로 인정되지 아니하기 때문이다. 예외적인
사항이기는 하지만, 특정 법인이 영업손실이 발생한 상태에서 영업외수익이 존재하여 당기순이익이 발
생하더라도 소득구분계산서를 작성하게 되면 감면대상 사업의 과세표준이 부(負)의 값으로 나타나므로
중소기업 특별세액감면을 적용받을 수 없게 된다. 따라서 단일 업종으로 영위하는 기업도 소득구분계
산서의 작성이 필요하다.

2.  개별손익과 공통손익 등의 구분:[소득구분계산]

 개별손익과 공통손익의 구분은 법인세법 기본통칙[113－156…6]을 적용하여 구분한다.
 중소기업 특별세액감면을 적용 받고자 하는 기업이 감면사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에는 법
인세법 기본통칙[113－156…6]을 준용하여 개별익금·공통익금, 개별손금·공통손금을 구분하여 집계한
다.

(1)  개별익금 또는 공통익금

  1)  감면사업 또는 기타(과세)사업에 직접 배분하는 개별익금

 ① 매출액 또는 수입금액은 소득구분계산의 기준으로서 이는 개별익금으로 구분한다.
 ② 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생하는 부수수익은 개별익금으로 구분하며, 예시하면
     다음과 같다.
  ㉠ 부산물·작업폐물의 매출액
  ㉡ 채무면제익
  ㉢ 원가차익
  ㉣ 채권추심익
  ㉤ 지출된 손금 중 환입된 금액
  ㉥ 준비금 및 충당금의 환입액

  2)  과세사업의 개별익금

 영업외수익과 특별이익 중 과세사업의 개별익금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.

  ㉠ 수입배당금
  ㉡ 수입이자
  ㉢ 유가증권처분이익
  ㉣ 수입임대료
  ㉤ 가지급금인정이자
  ㉥ 고정자산처분익
  ㉦ 자산수증익

  3)  공통익금

 감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 수익이나 귀속이 불분명한 부수수익은 공통익금으로 구분
하 며, 예시하면 다음과 같다.

  ㉠ 귀속이 불분명한 부산물·작업폐물의 매출액
  ㉡ 귀속이 불분명한 원가차익, 채무면제익
  ㉢ 공통손금의 환입액
  ㉣ 기타 개별익금으로 구분하는 것이 불합리한 수익

(2)  개별손금 또는 공통손금

  1)  감면사업 또는 기타(과세)사업에 직접 배분하는 개별손금

 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생한 비용은 당해 사업의 개별손금으로 구분하며, 예시하
면 다음과 같다.

  ㉠ 매출원가
  ㉡ 특정사업에 전용되는 고정자산에 대한 제비용
  ㉢ 특정사업에 관련하여 손금산입하는 준비금·충당금전입액
  ㉣ 기타 귀속이 분명한 제비용

  2)  과세사업의 개별손금

 영업외비용과 특별손실 중 과세사업의 개별손금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.

  ㉠ 유가증권 처분손실
  ㉡ 고정자산 처분손실

  3)  공통손금

 감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 비용이나 귀속이 불분명한 비용은 공통손금으로 구분하며
, 예시하면 다음과 같다.

  ㉠ 사채발행비 상각
  ㉡ 사채할인발행차금 상각
  ㉢ 기타 개별손금으로 구분하는 것이 불합리한 비용

(3)  실제의 용도에 따라 구분되는 항목

  1)  차입금이자의 구분

 차입금의 지급이자는 차입한 자금의 실제 사용용도를 기준으로 사실 판단하여 과세 및 감면사업의 개
별 또는 공통손금으로 구분한다.

  2)  외환차손익의 구분

① 사업과 직접 관련되는 외환차손익

 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련되는 외환차손익은 당해 사업의 개별손익으로 구분한다.

② 외상매출금의 회수와 관련된 외환차손익

 외상매출채권의 회수와 관련된 외환차손익(공사수입의 본사 송금거래로 인한 외환차손익 포함)은 외
국환은행에 당해 외화를 매각할 수 있는 시점까지는 당해 외상매출채권이 발생된 사업의 개별손익으
로 하고 그 이후에 발생되는 외환차손익은 과세사업의 개별손익으로 구분한다.

③ 기타의 외화채권 관련 외환차손익

 외상매출채권을 제외한 기타 외화채권과 관련하여 발생하는 외환차손익은 과세사업의 개별손익으로
구분 한다.

④ 외상매입채무의 변제와 관련된 외환차손익

 외상매입채무의 변제와 관련된 외환차손익은 당해 외상매입 채무와 관련된 사업의 개별손익으로 구
분한 다.

⑤ 기타 외화채무와 관련 외환차손익

 외상매입채무를 제외한 기타 외화채무와 관련하여 발생하는 외환차손익은 외화채무의 용도에 따라 감
면사업 또는 과세사업의 개별손익으로 구분하고, 용도가 불분명한 경우에는 공통손익으로 구분한다.

⑥ 외화표시 유가증권 관련 외환차손익

 외환증서, 외화표시예금, 외화표시유가증권 등과 관련하여 발생하는 외환차손익은 과세사업의 개별손
익 으로 구분한다.

⑦ 손익수정에 따른 외환차손익

 감면사업의 손익수정에 따른 외환차손익은 감면사업의 개별손익으로 구분한다.

3.  공통익금과 공통손금의 배분(안분계산)

 감면사업과 기타 사업으로 구분하여 집계한 공통익금과 공통손금의 배분은 법인세법 시행규칙 제76조
제6항 및 7항을 적용하여 안분계산한다[법인세법 시행규칙 제75조 제2항]. 즉, 감면대상사업과 기타 사
업의 손익을 구분 경리하는 경우, 공통익금과 공통손금은 다음과 같이 구분계산 한다[법인세법 시행규
칙 제76조 제6항].

(1)  공통익금：[수입금액기준 안분계산]

 감면사업과 기타 사업의 공통익금은 감면사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계
산한다.

(2)  공통손금

  1)  동일업종의 경우：[수입금액기준 안분계산]

 감면사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 감면사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매
출액에 비례하여 안분계산한다.

  2)  동일업종이 아닌 경우：[개별손금액 기준 안분계산]

 감면사업과 기타 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 감면사업과 기타 사업의 개별 손금액에 비례
하여 안분계산한다.

[주]：중소기업 특별세액감면은 업종별로 감면사업을 적용하는 것이므로, 감면사업과 기타의 과세사업은 동일
          업종이 아닌 경우에 해당한다.

(3)  수개의 업종을 겸영하는 법인의 공통손익의 안분계산

 수 개의 업종을 겸영하고 있는 법인의 공통손익은 먼저 업종별로 안분계산하고 다음에 동일업종내의 공
통손익을 안분계산한다[법인세법 기본통칙113－156…5].

4.  이월결손금·비과세소득·소득공제(“공제액 등”)의 구분공제

 감면세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 「이월결손금·비과세소득 또는 소
득공제액」(“공 제액 등”이라 한다)이 있는 경우 이를 감면사업의 소득과 기타과세의 사업의 소득에서 공
제하여야 한다. 이 경우 감면대상 소득(“감면대상사업의 과세표준”을 의미함)은 다음과 같이 계산한다[
법령96①].

(1)  “공제액 등”이 감면사업에서 발생하는 경우

 “공제액 등”이 감면사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액을 감면사업 발생소득에서 공제한다.

(2)  “공제액 등”이 발생한 사업이 불분명한 경우

 “공제액 등”이 감면사업에서 발생한 것인 지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계
산한 금액을 감면소득에서 공제한다.

5.  소득구분계산서의 작성

 위에서 설명한 방법에 따라 소득구분 계산한 결과는 소득구분계산서[법인세법 시행규칙(별지 제48호
서식)]에 집계된다. 실무적으로는 「소득구분계산의 부속명세서」를 먼저 작성하고 그 결과를 이용하
여 소득구분계산서를 작성한다. 구체적인 순서를 열거하면 다음과 같다.

 ① 손익계산서의 수익과 비용을 소득구분계산 부속명세서의 합계란에 기재한다.

 ② 세무조정항목을 항목별로 구분하여 소득구분계산 부속명세서의 합계란에 기재한다.[소득금액조정
     합계표], [법인세과세표준 및 조정계산서]에 표시되어 있는 세무조정항목을 소득구분계산서 부속
     명세서의 합계란에 이기 하되, 익금산입·손금산입항목은 손익계산서 항목의 수익과 비용에 가산하
     는 형식으로 기재하며, 익금불산입·손금불산입항목은 손익계산서 항목의 수익과 비용에서 차감하는
     형식으로 기재한다.

 ③ 상기①～②에 집계된 각 항목 중 개별익금·개별손금은 감면사업과 기타 과세사업에 직접 배분한다.

 ④ 상기 ①～②에 집계된 각 항목 중 공통익금·공통손금은 앞에서 설명한 배분기준을 적용하여 안분계
     산하여 감면사업과 기타의 과세사업에 배분한다.

 ⑤ 과세표준 계산상 공제되는 세무상 ‘이월결손금·비과세소득·소득공제항목’(“공제액 등”)도 감면사업
     과 기타의 과세사업에서 구분하여 공제한다.

 위의 소득구분계산 후 감면사업과 과세사업에서 산출된 과세표준의 합계는 「법인세 과세표준 및 조정
 계산서」의 과세표준과 일치하여야 한다.

6.  해석 사례

(1)  중계무역(도매업)에 의한 수입금액이 발생되는 경우

 제조업을 영위하는 법인이 법인세법시행규칙 제76조 제6항의 규정에 의하여 감면사업과 기타사업에 공
통되는 손익을 구분경리함에 있어, 당해 사업과는 별도로 수출을 목적으로 재화를 수입하여 제3국으로 수
출하는 중계무역(도매업)에 의한 수입금액이 발생되는 경우, 공통익금은 수입금액(중계무역으로 발생
된 것을 포함)에 비례하여, 공통손금은 감면사업과 기타사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산하는
것임[서이46012－11271, 2003.7.7.].

(2) 수 개의 업종을 겸영하고 있는 법인의 공통손익 안분계산

 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 법인세법 제113조 및 같은법시행령 제156조
를 준용하여 구분경리하여야 하는 것으로서, 수 개의 업종을 겸영하고 있는 법인의 공통손익은 먼저 업
종별로 안분계산하고 다음에 동일업종내의 공통손익을 안분계산하는 것이며, 이 경우 서로 다른 업종
에 대한 공통손금은 업종별 개별 손금액에 비례하여 안분계산하는 것임[서이46012－11261, 2003.7.4.].

(3)  본점과 지점의 공통손금에 대한 안분계산

 본점과 지점에 공통적으로 관련되는 부서는 총무팀만으로 보여지는 경우, 본점과 지점의 공통손금은
본점의 판매비와 일반관리비 전액으로 볼 것이 아니라 총무팀에 관련되는 비용으로 보는 것이 타당하다
. 그런데도 본점과 지점의 공통손금을 본점의 판매비와 일반관리비로 보아 동 공통손금 전액을 본점과
지점의 매출원가 비례로 안분계산하여 과세한 처분은 잘못이 있다[국심2002부2190, 2003.5.13.].

(4)  가수금의 포기로 발생한 채무면제이익의 구분

 대표이사 가수금의 포기로 인한 법인의 채무면제익은 ‘감면사업（제조업）’의 개별 또는 공통익금으로
볼 수 없고 ‘과세사업（기타사업）’의 개별익금으로 함[국심2002부98, 2002.4.12.].

(5)  감면사업과 직접 관련되어 발생한 채무면제익의 처리

 중소기업특별세액감면 적용시 감면사업과 직접 관련되어 발생한 채무면제이익은 감면사업으로 구분
경리한다[서면2팀 －745, 2005.5.31.].

(6)  소득구분계산에 대한 기본통칙의 정당성 여부

 조세특례제한법 제7조의 제조업 등에 대한 특별세액감면을 계산함에 있어 ① 「수입이자」를 전액 과
세사업의 개별익금으로 하여 감면세액을 산정한 처분이 적법타당한지 여부와 ② 감면사업과 기타사업
의 소득구분을 법인세법 기본통칙에서 정하고 있는 것은 납세자의 예측가능성과 법적 안정성을 침해하
는 것으로 이를 과세근거로 한 건은 그 처분을 취소해야 한다는 청구인의 주장에 대하여, 국세심판원은
「중소제조업 등에 대한 특별세액감면액 계산시, 수입이자를 과세사업의 개별익금으로 구분하며, 감면
사업과 기타사업의 소득구분방법을 규정한 법인세법기본통칙은 정당」하며, 납세자의 예측가능성이나
법적 안정성을 침해한다고 볼 수 없고, 이는 위임입법사항이 아니라고 해석하고 있다[국심2002부1318
, 2002.9.12.].

(7)  외환차손익·기부금 등에 대한 소득구분

 외화를 차입해 감면사업인 제조업에 사용하는 기계를 수입한 경우, 그 외화차입금의 환율조정차상각액
은 감면사업의 개별손금이며, 당해 법인의 사업과 직접 관련없이 지출한 기부금은 감면사업과 기타사업
의 공통손금에 해당함[재경부 법인46012－58, 2002.3.26.].

(8)  판매장려금에 대한 감면소득 적용여부

 조세특례제한법 제7조 제1항의 규정을 적용함에 있어 레미콘 제조업을 영위하는 거주자가 원재료 매
입처인 시멘트제조업체로부터 지급받는 판매장려금은 동 규정에 따른 감면소득에 해당하는 것임[서면
1팀-1398, 2007.10.11.].

V.  추계과세시 감면적용여부 및 경정청구 등

1.  추계과세시 등의 중소기업 특별세액감면 적용여부

(1)  추계과세시 중소기업 특별세액감면 적용

 추계에 의해 세액을 계산하는 경우에는 조세특례제한법 제128조 제1항의 규정에 의하여 조세특례제한
법의 각종 조세지원이 적용 배제되지만, 「중소기업 특별세액감면」은 추계에 의하여 세액을 계산하는
경우에도 감면을 적용받는다[조특법128①].
법인세 신고시기에는 추계를 적용하는 일이 거의 없으므로 본 규정이 중요한 의미가 없지만, 개인사업
자의 종합소득세 신고시기에는 고려의 대상이 된다.

(2)  기한후 신고시 중소기업 특별세액감면 적용배제

 납세자가 과세표준 신고를 하지 아니하여 과세권자가 과세표준을 결정하는 경우와 국세기본법 제45조
의3에 의하여 기한후 신고를 하는 경우에는 중소기업 특별세액감면을 적용하지 아니한다[조특법128②].

(3)  세무조사 결정·경정시 중소기업 특별세액감면 적용배제

 소득세법 제80조[결정 및 경정] 제1항 또는 법인세법 제66조[결정 및 경정] 제1항의 규정에 의하여 결
정 을 하는 경우와 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항의 규정에 의하여 경정을 하는 경
우에는 중소기업 특별세액감면을 적용하지 아니한다[조특법128②,③]

(4)  세무조사 사전통지 받은 후 수정신고시 세액감면 적용배제

 국세기본법 제81조의6[세무조사의 사전통지와 연기신청]의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후
수정신고를 하는 경우에는 중소기업 특별세액감면을 적용하지 아니한다[조특법128③].

2.  경정청구시 중소기업 특별세액감면 가능여부

 경정청구 기한내에 중소기업에 대한 특별세액감면신청서를 첨부하여 경정청구를 하는 경우에 중소기
업 특별세액 감면을 적용받을 수 있는 것으로 해석된다.

 종합소득과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자로서 조세특례제한법 제7조(중소기업에 대한
특별세액감면)에 대한 감면을 신청하지 아니하여 감면을 받지 못한 경우 법정신고기한경과 후 2년(현행
3년) 이내에 경정 등의 청구를 하여 감면을 적용받을 수 있는 것임[서일－1333, 2004.9.24.].

 중소제조업 등에 대한 특별세액감면에 있어 그 감면신청서를 당초 신고시 제출하지 않고 경정청구시
감면신청해도 감면됨[감심99－300, 1999.9.21.].

3.  증액경정결정시의 중소기업 특별세액감면의 적용

 ① 조세특례제한법 제128조 제3항에 의하여 과세관청이 경정을 하는 경우에는 과소신고금액에 대하여
     같은법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없는 것이나, 수정신고를 하는 경우는
     과소신고금액에 대하여도 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임[서일－1493, 20
     04.11.5.].

 ② 중소제조업에 대한 특별세액 감면적용에 있어 폐업연도전의 소득이 폐업일 이후의 경정으로 인해
     증가된 경우, 그 증가된 소득분은 세액감면대상 아님[국심2001서805, 2001.12.6.].

VI.  중복적용의 배제 및 최저한세의 적용

1.  중복적용의 배제

 중소기업에 대한 특별세액감면은 다음과 같은 두 가지 측면에서 다른 조세감면 등과 중복적용이 배제
되므로 유의하여야 한다.

(1)  투자세액공제와의 중복적용의 배제

  1)  투자세액공제 등과의 중복적용배제

 「중소기업에 대한 특별세액감면」]은 「대부분의 투자세액공제」와 중복하여 적용할 수 없다[조세특
례제한법 제127조 제4항]. 투자세액공제와 중복적용을 배제하는 것이므로 다음에 해당하는 세액공제와
는 중복적용이 가능하다.

 ① 연구 및 인력개발비 세액공제[조특법 10]
 ② 기업의 어음제도개선에 대한 세액공제[조특법 7의2]
 ③ 특허권 등 취득에 대한 세액공제[조특법12②]

  2)  이월되는 투자세액공제와의 중복적용 가능

 ① 조세특례제한법 제127조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 같은법 제26조의 규정에 의한 임시투자세
     액공제액이 발생되었으나 최저한세의 적용으로 인하여 이월된 공제세액이 있는 경우, 동 이월공제세
     액은 같은법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면과 중복하여 적용받을 수 있는 것임[서이4601
     2－11761,2003.10.10., 서이－18, 2005.1.3.].

 ② 조세특례제한법 제144조 제1항에서 “당해 과세연도에 납부할 세액이 없다”는 의미는 산출세액이 없
     어 투자세액공제를 적용할 수 없는 경우를 의미하는 것이며, 또한 조세특례제한법 제127조 제4항의
     규정에 따라 세액감면과 투자세액공제가 동일사업연도에 발생하여 적용할 수 있는 경우에는 그 중 하
    나만을 선택하여 적용받을 수 있으며, 투자세액공제는 당해 연도 이전에 발생하여 이월된 것이고, 세
    액감면은 당해 사업연도에 발생한 경우에는 두 가지를 동시에 적용할 수 있는 것임[서이－18, 2005.
    1.3.].

(2)  감면상호간 중복적용의 제한

 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 다음의 조세특례제한법상 감면 중 둘 이상의 규정이 적용
되 는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다[조세특례제한법 제127조 제5항].

 ① 기간감면：적용시한내에 일정기간에만 적용되는 다수의 세액감면
 ② 중소기업에 대한 특별세액감면[조특법 7]
 ③ 외국인 투자(증자 포함) 등에 대한 법인세 등 감면[조특법 121의2, 121의4]

2.  최저한세의 적용

 중소기업 특별세액감면은 조세특례제한법 제132조 제1항의 규정에 의하여 최저한세 규정을 적용받는
다[조특법 132①]. 「최저한세 적용으로 감면 받지 못하는 세액」은 다음 사업연도에 이월되지 않고 소
멸한다.

3.  해석사례

(1)  동일 사업장내의 별도 공장에 대하여 각각 다른 감면 적용

 동일부지 내에 공장이 있더라도 각 제품별로 제조설비 및 공장건물을 별도로 설치하고 제조공정이 서로
무관한 제품을 생산하여 구분경리가 가능한 경우에는 공장별로 각각 다른 감면을 선택하여 적용받을 수
있다[조특통127－0…2].

(2)  창업중소기업 세액감면과 중복적용 배제 관계

  1)  창업중소기업 세액감면의 적용요건이 미비되는 경우

 제조업을 영위하는 중소기업이 창업중소기업세액감면에 대한 요건미비 등으로 동 감면이 배제되는 사
업연도에는 중소제조업 등에 대한 특별세액감면의 적용이 가능한 것으로 해석하고 있다[법인46012－
518, 2001.3.10.].

  2)  사업장별로 서로 다른 세액감면의 적용 여부

 법인이 제조업의 사업장（공장）별로 「창업중소기업에 대한 감면」과 「중소제조업 등에 대한 특별세
액감면」을 각각 선택해 감면세액을 계산함은 정당하고, 각 공장별 제조업소득을 합산해 「중소제조업
등에 대한 특별세액감면세액」을 계산해야 하는 것은 아님[국심2001부2726, 2002.4.8.].

VII.  농어촌특별세비과세 및 감면세액에 대한 사후관리

1.  중소기업에 대한 특별세액감면과 농어촌특별세 비과세

농어촌특별세법 제4조[비과세] 해당 규정이 개정되어 「중소기업에 대한 특별세액감면」은 농어촌특별
세 비과세를 적용받는다.

2.  감면세액 상당액의 사후관리

(1)  감면세액 상당액에 대한 사후관리의무 폐지

 2002년12월11일 개정 공포된 조세특례제한법에서는 동법 제145조[기업합리화 적립금의 적립(감면세
액의 사후관리)]가 삭제되었고, 동 개정규정의 적용시기는 당해 조세특례제한법 공포일이 속하는 과세
연도에 감면 등을 받는 분부터 적용하도록 하고 있다[조세특례제한법 개정법률 제6762호 부칙 제25조
제1항]. 따라서 중소기업특별세액감면을 적용받는 경우에 당해 감면에 대하여 감면세액상당액의 사후
관리의무를 부담하지 않는다.

(2)  종전의 기업합리화적립금의 임의처분가능

 조세특례제한법(2002. 12. 11 법률 제6762호로 개정된 것) 제145조 및 제146조의 규정을 적용함에 있어
서 종전의 조세특례제한법 제145조의 규정에 의한 기업합리화적립금이 있는 내국법인의 경우 2002. 1
2. 11 이후부터는 동 기업합리화적립금을 이월결손금의 보전이나 자본에의 전입에 사용하지 아니하고 처
분하는 경우에도 처분한 당해 기업합리화적립금 상당액을 추징하지 아니하는 것임[서이46012－10646
, 2003.3.28.].

VIII.  감면신청 및 공제감면서식의 작성

1.  세액감면신청의 제출과 감면요건

(1)  세액감면신청서의 제출

 중소기업에 대한 특별세액감면규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신
고와 함께 조세특례제한법 시행규칙 [별지 제2호 서식]의 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게
제출하여야 한다.

(2)  세액감면신청서를 제출하지 못한 경우의 감면여부

 해석사례에 의하면, 세액감면을 감면받고자 하는 내국인은 감면을 신청하여야 하지만, 감면신청을 하지
않는 경우에도 감면요건이 충족되는 경우에는 세액을 감면하는 것이 타당한 것으로 보고 있다[국심200
0서2348, 2001.5.21.]. 그러나 세액감면을 받고자 하는 경우에 감면신청서를 누락하지 않고 제출하도록
하여야 할 것이다.

2.  공제감면 관련서식의 작성

 중소기업 특별세액감면을 적용받고자 하는 경우에는 조세특례제한법의 서식인 [세액감면신청서]을
작성 제출함과 동시에, 법인세법 시행규칙 서식인 공제감면세액계산서(2)[별지 제8호 서식 부표2]에 그
내용을 기재하고, 공제감면세액및추가납부계산서(갑)[별지 제8호 서식(갑)]에 집계하여 법인세과세표
준 및 세액조정계산서에 반영하도록 하여야 할 것이다. 또한 감면사업에서 발생한 과세표준을 확인하는
자료도 필요할 것이므로 앞에서 설명한 소득구분계산서[법인세법 시행규칙 (별지 제48호 서식)]도 첨
부하여야 한다.

출처 : 이택스코리아

2009. 12월말 결산법인의 법인세 신고시  적용되는 2009귀속에 대한 법인세등의 개정내용 및 세무조정
등에 있어서 중요한 사항, 주의해야할 사항을 다음과 같이 정리해보았습니다.
 

Ⅰ. 2009귀속 신고시 적용되는 법인세법 등의 개정내용

 1. 비사업용토지 양도에 대한 법인세 중과세 ( 법 제55조의 2 )

  ① 종전 법인의 비사업용토지, 주택의 양도에 대하여 양도차익의 30%에 해당하는 법인세를 별도로
부담하였으 나 개인의 양도소득세 중과세 제도의 유보와 동일하게 2009. 3. 16. 이후 부터 2010. 12. 31.
까지의 양도함으로써 발생되는 소득에 대하여 별도 법인세 중과세 제도를 적용하지 않는다. 다만 투기
지역에 해당하는 강남, 서초, 송파구의 주택양도에 대하여는 양도소득의 10%를 할증하여 법인세를 계산
한다.

  ② 특정주식과 부동산 과다법인의 경우 법인자산 총액중 비사업용토지 가액이 50% 이상인 경우 적용
 되는 주식양도소득세율 60%의 규정도 위와 같이 적용되지 않는다.

 2. 이월결손금 법인세 과세표준 공제기간의 연장 (법 제45조)

  ① 법인세 각사업연도소득에서 공제하는 이월결손금은 종전까지 발생한지 5년이내의 이월결손금이
     해당되었으나 2009년 이후 발생한 이월결손금은 10년간 이월공제된다.

  ② 따라서 법인 장부의 보존의무도 신고기한이 경과한 때로부터 5년간 이를 보관하도록 되어 있었으나
      이월결손금 공제기간의 연장으로 5년이 경과하고도 공제받지 못한 이월결손금이 있는 경우 해당 장
     부 및 증빙서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도 법인세 신고기한부터  1년이 되는 날까지 보관하여
     야 한다.

 3. 합병과 이월결손금의 승계 (법 제45조)

  ① 결손금이 많은 법인을 합병법인으로 한 조세회피와 역합병에 대한 논란을 해소하기 위하여 2009년
      이후의 합병에 대하여는 합병후 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 각각의  이월결손금을 공제하
      도록 개정되었다. 따라서 합병시 합병법인 또는 피합병법인이 이월결손금이 있는 경우 각각의 소득
      을 구분계산하여 각각의 소득에서 이월결손금을 공제하여야 한다.

  ② 합병법인은 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 피합병법인으로부터  양도 받은
      자산의 처분손실을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업
      연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입 하지 아니한 처분손실은 피합
      병법인으로부터 승계한 결손금으로 본다.

 4. 법인세 세율 인하 ( 법 제55조 )

 5. 접대비의 신용카드 사용금액 기준 변경 ( 법 제25조 2항 )

  
 6. 조특법상 중소기업 업종 추가(조특법 시행령 제2조) 및 중소기업기본법상 별표1 개정

  ① 조특법 시행령 제2조에서 규정하는 중소기업의 업종에 음식점, 창작및 예술관련서비스업 (공연시
      설 운영업. 공연단체. 연극단체. 무용 및 음악단체. 기타 공연단체. 자영예술가. 공연예술가. 비공연
     예술가.공연기획업. 공연및 제작관련 대리업. 기타창작및예술관련  서비스업)이 추가되었다.

  ② 2009. 2. 25. 중소기업기본법 시행령 제3조 별표 ( 중소기업업종별 범위기준 )가 개정되어 시행되고
     있으며 종전의 세분류에서 대분류에 의한 범위기준으로 변경되고 범위기준이 일부 확장되어 시행하
     고 있다.

 7. 연구인력개발준비금의 재시행 (조특법 제9조)

   2007년 이후 페지되었던 연구인력개발준비금 손금산입 제도가 2009년 다시 시행된다.

  ① 기업회계상 매출액의 3%를 연구개발및 인력개발을 위한 준비금으로 손금산입 할 수있다.
  ② 3년 이내 목적에 의무 사용하여야 하며, 사용액은 3년간 분할 환입하고 미사용액은 일시 환입하되
     이자상당액 추징. 정책변경등으로 임의환입 가능하다.
  ③ 준비금의 사용은 현행 연구인력개발비 세액공제를 받는 연구인력개발비와 요건이 동일하고 연구
      인력개발비 세액공제와 동시에 적용이 가능하며, 최저한세 적용대상이다.

 8. 법인 기부금 손금한도의 축소 ( 령 제38조 )

      
 9. 가지급금 인정이자 적용시 당좌대출이자율의 변경 ( 시행규칙 제43조의 3항 )

  ① 종전 국세청장 고시에 의하여 적용하던 당좌대출이자율 9%를 2009. 3. 30. 시행규칙 제43조 3항을
      신설하여 8.5%를 적용한다. 따라서 대여금 약정이 없는 가지급금등에 대하여는 2009.1.1.부터 8.5
      %를 적용하고,

  ② 2009. 3. 29. 이전 대여금등에 대하여는 종전과 같이 9%를 적용하여야 하나 대여금 약정시 국세청
      장이 고시하는 당좌대출이자율로 이자를 수수하기로 약정하고 당좌대출이자율이 변경된 경우에는
      변경된 이자율을 적용하기로 한 특약이 있는 경우 그 변경된 당좌대출이자율을 변경고시일 이후부
      터 적용할 수 있다.     

  ③ 종전에는 당좌대출이자율 적용시 회사가 지급하는 높은 이자율이 있을 경우 높은 이자율  부터 순차
      적으로 적용하여 최저이자율을 당좌대출이자율로 하였으나 높은 이자율부터 순차적인 적용이 폐지
      되고 당좌대출이자율 만을 적용한다.

 10. 중소기업특별세액감면시 소기업의 판정 (조특법 제7조)

  매출액 100억이하 (2009. 2. 4. 이후 개시하는 사업연도부터 적용되므로 2009. 12.결산법인은  해당없
 음)의 기업으로서 상시 사용하는  법인전체의 종업원수가 주된사업을 기준으로 아래의  기준 미만인 경
우 소기업으로 판정한다.

 11. 창업중소기업 업종 추가 (조특법 제6조)

   창업후 소득이 발생한 사업연도로부터 4년간 50% 법인세, 소득세를 감면해주는 창업중소기업, 창업
벤처중소 기업 대상 업종에 2009.1.1. 이후 창업부터  건설업. 음식점업. 출판업(종전 제조업) 전기통신
업이 추가되었다

 12. 연구인력개발비 세액공제 (조특법 제10조)

  ① 중소기업의 연구인력개발비 세액공제가 종전에는 당기발생액의 15%와 직전4년 평균발생액 대비
     당기발생액 증가액의 50%중 선택하여 공제 받을수 있도록 되어 있었으나, 2009년 부터 당기 발생액
     의 25%공제와 직전 4년 대비 증가액의 50%중 선택하여 받을 수 있도록  개정 되었다.

  ② 연구인력개발비 세액공제를 적용 받을 수 있는 비용이 조특법 별표6으로 규정하고 있으며,  2009. 1
      1. 20. 개정으로 인하여 범위가 축소되어 종전의 각종 품질보증체제 인증 비용, 환경 경영체제 인증
      비용, 기술평가기관에 기술평가 비용, 통합정보화 경영체제인증을 위하여 지출하는 비용등은 연구
     인력개발비  세액공제를 받을 수 있는 비용에서 제외되었으며 이 개정규정은 2009.1.1. 이후 최초 개
     시하는 사업연도 부터 적용된다.

 13. 임시투자세액공제 (조특법 제26조)

  ※ 직전 3사업연도 연평균투자액 초과액의 10% 추가공제는 수도권중 과밀억제권역과 그 외 지역 모두
      적용이되며 직전3년 연평균투자액의 계산은 연구인력개발비 세액공제시 적용하는 직전 4년 평균발
     생비용의 계산과 동일하다.

  ※ 연평균 투자액 계산 : (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 3년간 투자금액 합계) / 3년
                                    × 해당 과세연도 월수 / 12개월

 14. 세무사에 대한 전자신고세액공제 증액 (조특법 제104조의8)

※ 2010. 3. 신고하는 세무법인 2010. 5. 신고하는 개인세무사의 경우 직전사업연도인 2009년에 부가가
   치세확정신고와 소득세 또는 법인세를 모두 동일 세무사가 전자신고한 경우에 적용 되며, 2010년 세
   법 개정사항은 2010년 이후에 전자신고하는 분부터 직전 과세기간 전자신고 분에 대하여 적용되므로
   2010. 7. 부가가치세 확정신고 때부터 적용될 것으로 보입니다.

 15. 고용유지 중소기업 소득공제 신설 (조특법 제30조의3)

 ① 중소기업기본법에 의한 중소기업으로서 2009-2010사업연도에 걸쳐서 매출액 또는 생산량이 10%이
     상 감소 또는 월평균 재고량이 전기 대비하여 50%이상 증가하여 경영상 애로사항이  있는 기업이 근
     로자 고용을 유지하거나 증가하므로 인하여  근로자 1인당 임금총액이 직전 과세연도에 비하여 감소
     한 경우

 ② 법인에 대한 소득공제

 ③ 근로자에 대한 연말정산시 소득공제

 ④  최저한세 적용을 받지 않는다.  
     농어촌특별세 과세대상이 아니다.
     조특법상 다른 세액공제, 세액감면과 중복적용이  가능하다.

16. 정규직 전환 세액공제 (조특법 제30조의2)

 ① 중소기업이 2007년 12월 31일 당시 고용하고 있는 일용근로자를 2009년 12월 31일 까지 정규직으로
     전환하는 경우 전환하는 인원수에 30만원을 곱한 금액을 당해 사업연도 소득세 ( 사업소득에 한함)
     또는 법인세에서 공제한다.

 ② 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 정규직 근로자로의 전환을 한 날부터 1년이 지나기  전에 해당
     정규직 근로자와의 근로관계를 종료하는 경우에는 근로관계를 종료한 날이 속하는 과세연도의 과세
     표준신고시 공제받은 세액상당액에 일일 3/10000에 해당하는 이자상당액을  가산하여 소득세 또는
     법인세로 납부하여야 한다.

 ③ - 농어촌특별세 해당 없으며 다른 세액공제, 세액감면과 중복적용 가능하다.
    - 최저한세 적용되며,  결손및 최저한세로 공제받지 못한 세액은 5년간 이월공제된다.

17. 현금영수증 미가맹 가산세 완화 ( 법 제76조 12항 )

 ① 종전에는 가입기한 내에 가입하지 않은 경우 해당과세기간 전체 수입금액 중 소비자를 상대로한 업
     종의 전체 수입금액에 대하여 0.5%의 가산세가 해당된다. 그러나 2009년 이후에는 미가맹한 기간
     의 수입금액에 대해서만 적용되도록 개정되어 미가맹한 일수에 대하여만  안분하여 적용된다.

 ② 소비자상대업종과 소비자상대업종 외의 업종을 겸영하는 법인에 대하여 현금영수증 미가맹 가산세
     는 소비자상대 외의 업종에서 발생하는 수입금액은 제외하는 것임.

18. 주식회사 외부회계 감사기준 변경 (외감법 제2조)

 종전에 외부회계감사기준이 직전 사업연도말 자산총액 100억원 이상과 주권상장법인 또는  주권을 상
장하고자 하는 법인에서 2009. 12 .31. 주식회사 외부회계 감사기준에 다음사항이 추가되어 2010년부
터 시행된다.

   ① 직전 사업연도 말의 부채총액이 70억원 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사
   ② 직전 사업연도 말의 종업원수가 300명 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사
     (그 주식회사가 분할하거나 다른 회사와 합병하여 새로운 회사를 설립한 경우에는 설립시의 종업원
      수가 300명 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사를 말한다)

Ⅱ. 과목별 세무조정

 1. 국고보조금

   국고보조금은 자산취득목적이건 비용충당목적이건 법인세법상 수령하는 시점에 익금산입사항에 해당
하며 다만 법인의 선택에 의하여 손금산입시 별도의 세무조정 및 신청하여야 한다.
   만약 당초 정기분 법인세 신고시 세무조정 및 신청서가 없는 경우에 추후 경정청구 및 손금 산입은 허
용하지 않는다.

 ① 자산취득목적의 국고보조금 손금산입

  . 자산취득목적의 국고보조금으로 일시상각충당금으로 손금산입이 가능한 국고보조금은 법인 세법 시
행령 64조 및 조특법 5조의2에 해당하는 법률규정에 의한 국고보조금만 대상이 되며,  법인세법 규정에
의한 국고보조금은 대상법인과 사업용고정자산의 종류에 제한이 없이 손금 산입이 가능하나 조특법 5
조의2 규정에 의한 국고보조금은 중소기업으로 특정한 정보화 사업 ( 전사적기업자원관리 설비. 전자상
거래설비. 경영및 유통관리 전산화 설비)에 사용한 경우에만 손금산입이 된다.

  . 연구개발 보조금으로 국고보조금을 수령하였으나 회계처리시 이를 자산인 개발비로 처리한 경우에
는 자산취득국고보조금으로 세무조정하여야 한다.

 ② 연구개발출연금의 익금불산입

   연구개발출연금 등 기타의 비용충당 목적의 국고보조금은 수령시 전액 익금산입하고 추후 상환의무 발
생시 손금산입하는 것이 원칙이나 조특법 제10조의2 규정에 의한 특정연구개발 출연금의 경우 수령시
점에 익금불산입하고 연구개발출연금의 사용시점에 익금산입이 가능하다.

   이때 법인세 신고시  출연금등익금불산입명세서를 제출하여야 하며,  조특법 제132조에 따른  최저한
세가 적용된다.
 
 2. 접대비

 ① 업무추진비, 판매촉진비등 명목여하에 불구하고 사업을 위하여 특정인에게 무상으로 제공한 물품
     및 금품은 세법상 접대비에 해당한다. (리베이트. 경품행사. 알선과 관련한 사례금 등)

 ② 접대비의 신용카드 사용은 개인과 달리 법인의 경우 법인카드사용액만 인정된다.
    ( 부가가치세 매입세액공제 대상이 되는 신용카드매출전표, 정규증빙에 해당하는 신용카드,  개인사
      업자의 접대비 신용카드 사용등은 법인카드나 사업주 본인카드로 반드시 사용해야되는 것은 아니다 )

 ③ 접대용 상품권 구입의 경우 세금계산서, 현금영수증 발행이 안되므로 신용카드로만 구입하여야 한
      다.
 ④ 물품으로 제공한 접대비는 시가에 의하여 접대비로 계상하며 한도액 계산시 이는 신용카드 사용액
     으로 보아야 한다.
 ⑤ 접대비중 문화접대비는 일반접대비 한도액의 10%를 추가하므로 공연, 체육활동입장권, 문화 예술
     행사의 주최 및 입장권 접대는 세무조정시 별도로 확인하여야 한다.
 ⑥ 50만원이상 접대비 지출기록 보관규정은 2009년 폐지되었으며 2008 이전 사업연도에 지출기록이 없
     었어도 접대비에서 세무조정으로 부인되지는 않는다.
 ⑦ 물품으로 제공된 접대비, 복리후생비, 판매장려금은 부가가치세법상 간주공급으로서 매입세액공
     제를 받았다면 제공시 부가가치세 과세대상에 해당한다.

3. 감가상각비

  현행 법인세법상 감가상각은 임의 상각으로 결산조정사항에 해당하므로 신고후 감가상각금액의 정정
으로 인한 수정신고, 경정청구는 허용되지 않는다.

 ① 그러나 임의 상각에 대한 예외규정으로 세액감면을 받은 경우에는 감가상각의제규정이 적용 되므로
     세법상 한도액 까지 감가상각 하여야 하며 만약 감가상각을 하지 않은 경우 이후 사업연도에 한도
     액 계산시 감가상각을 한 것으로 간주하여 세무조정을 하여야 한다.

 ② 상각의제규정은 특정업종에 대한 세액감면에만 적용되므로 결손발생, 세액공제와 중복배제  등으로
      인하여 세액공제를 받은 경우, 실질적으로 감면을 받지 않은 경우에는 적용되지 않는다.  또한 감가
     상각의제액은 한도액계산에만 영향을 미치므로 당해 자산을 처분이나 폐기시 별도로 손금 불산입등
     이 없으므로 자산의 취득에서 양도시 까지의 손익에는 영향이 없다.

 ③ 법인 설립시 부담하는 등록세 및 수수료등은 창업비에 해당하며 당기 손금산입 대상이 된다. 그러나
    설립후 자본증자시 부담하는 비용은 신주발행비로서 기업회계상 자본조정사항이므로 손금산입이 되
    지 않는다. 따라서 액면가 자본증자의 경우 증자비용은 주식 할인발행차금으로 분개하고 주식할인발
    행차금은 추후 3개 사업연도에 걸쳐서 미처분이익잉여금과 상계하고 결손금 발생등의 경우 다음 사
    업연도로 이월하여 상계한다.

 ④ 연구 개발비는 당기 비용으로 처리하는 것이 원칙이나 특정제품의 개발등의 경우에는 개발비로서 무
     형자산으로 처리가 가능하며 이 경우 개발비 종류별로 각각 20년 이내의 기간에  감가상각 할 수 있으
     며 신고시 내용연수 선택이 없었으면 내용연수 5년이 적용된다.

 ⑤ 무형자산 ( 영업권. 점포권리금. 개발비. 특허권등 각종 권리 등 )은 정액법에 의하여 상각 하고 임의
     상각 및 감면시 감가상각의제가 유형자산과 동일하게 적용되며, 이의 양도 및 대여시  부가가치세 과
     세대상에 해당한다.

 ⑥ 소프트웨어 구입비, 홈페이지 구축비는 집기비품으로 분류하여 감가상각 한다.

4. 가지급금등에 대한 인정이자 계산

  법인이 특수관계자에게 가지급금, 단기대여금등 명목여하에 불구하고 무상이나 낮은 이자율로 대여한
경우에는 인정이자계산대상이 된다. 다만 세법상 인정이자 계산대상에서 제외되는

  경우는 법인이 종업원에게 대여한 경우 급여가불금과 경조사비 대여액과 학자금대여액의 경우 이고
그 외 종업원에 대한 주택구입자금 및 전세보증금 대여금액도 인정이자 계산대상이 됨에 주의하여야 한
다.

 ① 2009년 이후 신고하는 법인세부터 해당 법인이 당좌대출이자율과 가중평균차입이자율중 법인세신
     고시 선택하는 이자율 (선택하지 아니한 경우에는 당좌대출이자율)을 시가로 하되, 선택한 비율은
     해당연도 모든 거래에 대하여 적용하고, 그 후의 사업연도에도 계속 적용하여야 한다.
  다만 가중평균이자율을 선택하였으나 그 이후 사업연도에 특수관계자 아닌자로 부터의 차입금이 없
  는 등의 경우에는 가중평균이자율 계산이 불가하므로 해당 사업연도에 한하여 당좌대출이자율을 적
  용 할 수있다.

 ② 인정이자의 계산은 부당행위 계산부인 규정중의 하나로서 이 규정은 대여자 및 차입자 모두에게 적
     용된다. 따라서 대여자 차입자 모두 가중평균차입이자율을 선택하면서 서로 적용이자율이 다른 경우
     에는  대여자는 당좌대출이자율을 적용 할 수 있다.

 ③ 국세청 고시에 의하여 시행하던 당좌대출이자율이 법인세법 시행규칙 43조에서 규정하고 있으며 당
     좌대출이자율이 종전 9%에서 8.5%로 변경되었으며 이규정은 2009. 3. 30. 이후 대여금에 대하여 적
     용하고 종전의 대여금은 계속하여 9%가 적용되어야 한다. 다만 대여금 약정서에 당좌대출이자율이
     변경된 경우 변경된 이자율을 적용하기로 한 특약이 있는 경우 그 변경된 당좌대출이자율을 변경일
     이후부터 적용할 수있다.  그러나 일반적인 가지급금의 경우 2009.1.1.부터 8.5% 이자율이 적용된다.

 ④ 약정한 대여금 이자에 대하여 연말에 미수이자로 계상 할 수 있으며 이 경우 1년이내에 또는 그 차입
     자인 특수관계인이 퇴사하기 전까지는 회수되어야 하며 그렇지 않은 경우 상여 처분된다.

 ⑤ 대여금 약정을하고 약정이자를 조건에 따라 현금으로 수령하는 경우 원칙적으로 이자소득으로서 2
      5% 원천징수 대상이 되나 미수이자에 대하여는 다음에 회수하더라도 이미 익금에 산입된 이자이므
      로 원천징수대상이 되지 않는 것으로 보인다.

 ⑥ 세법상 인정이자 금액과 회사가 수입이자로 계상한 금액의 차이가 5%이내로서 3억이하인 경우에는
     차이에 대하여 인정이자 익금산입하지 않는다.

 ⑦ 종전에 적용하던 당좌대출이자율을 최하한선으로 하여 당좌대출이자율 보다 높은 차입금이 있는 경
     우에는 높은 이자율부터 순차적으로 적용하였으나, 이규정은 폐지되고 당좌대출이자 율 ( 9% 또는 2
     009. 3. 30. 이후 8.5% ) 만을 적용한다.

 ⑧ 가입급금 인정이자조정명세서(을)표는 특수관계자 각 개인별로 각각 작성하고 입력하는 가수금 및
      가지급금도 법인 전체의 가지급금 및 가수금이 아닌 당해 개인의 해당금액만 입력한다.

5. 지급이자 손금불산입

  특수관계자에 대한 업무무관 가지급금, 대여금등 명칭여하에 불구하고 인정이자의 익금산입및 지급이
자 손금불산입 대상이 되며, 다만 지급이자 손금불산입과 업무무관가지급금등은 인정이자 익금산입은
다음과 같은 차이가 있다.

① 내국법인이 해외현지법인에 시설 및 운영자금을 대여한 경우 그 자금의 대여가 사실상 당해 내국법
    인의 영업활동과 관련된 것인 때에는 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로 보지 아니하여 지급이
    자 손금불산입 대상이 되지 않으며, 이 경우에도 이자율에 대한 부당행위계산대상은 적용되나 시가로
    보는 이자율은 당좌대출이자율등이 반드시 적용되는 것이 아니고 국제간의 거래에 해당하는 정상가
    액이 우선적으로 적용되된다

 ② 그러나 국내거래로서 자금대여를 주업으로 하지 아니하는 법인이 특수관계자에게 국세청장이 정한
     당좌대월이자율에 의하여 이자를 수수하기로 약정하고 자금을 대여한 경우에도 당해 대여금은 업무
     와 관련없는 가지급금에 해당하므로 지급이자 손금불산입대상이 된다.

 ③ 업무무관부동산등에 관련한 차입금이자조정명세서 (을)표 작성시 가수금 과 가지급금은 인정이자
     와 달리 법인 전체의 가수금 과 가지급금을 입력하여야 한다.

 ④ (갑)표 작성시 입력하는 이자율과 차입금은 차입금적수를 구하기 위한 수단이므로 법인이  실제 부
     담하는 이자율과 지급이자를 전부 입력하고 당좌대출이자율 9%와 관계없다.

 ⑤ 세무조정시 익금산입하는 인정이자는 상여처분이지만 지급이자 손금불산입 금액은 기타사외유출로
     처분하며 이때 손금불산입대상 지급이자는 정상적인 상거래에서 발생된 수입과 관련된 유산스 이자
   , 받을어음 할인액등은 제외하여야 한다.

6. 대손상각

 ① 대손사유중 채무자의 파산, 폐업의 경우와 수표와 어음의 부도로 인하여 손금산입하는 대손 상각은
     결산조정사항이므로 당해 사유발생일로부터 소멸시효 경과전 까지 손익에 반영하면 되고 이때 비
     망계정으로 1000원을 남겨야 하지만, 소멸시효완성에 의한 대손상각은 신고조정 사항이므로 반드
     시 소멸시효가 속하는 사업연도 손익에 반영하고 이후 사업연도에 손금 산입 할 수 없으며, 소멸시
     효가 경과된 채권으로 당해 연도에 대손상각하지 않았으면 해당 사업연도의 경정청구 사항에 해당
     되고 이때는 비망계정으로 1000원을 남기지 않는다.

 ② 중소기업이 채무자인 부도가 발생한 사업자의 외상매출금을 부도발생일 이전 부터 보유하고있는 경
     우에 부도어음 및 수표는 없다 하더라도 당해 외상매출금을 어음 및 수표부도와 같이 부도발생일로
     부터 6개월 시점에 대손상각 할 수 있다.

 ③ 상법상 채권의 소멸시효는 5년이지만 민법상 단기소멸시효가 적용되는 경우에는 민법규정이 우선
     적으로 적용되며 건설채권, 도소매채권, 제조업의 채권, 변호사 회계사의 채권등은 3년 소멸시효가
     적용되나 세무사 채권의 경우 5년 소멸시효가 적용된다.
    그러나 판결에 의하여 확정된 채권은 10년이 적용되고, 채무자의 재산에 압류를 한 경우에는 시효의
    중단으로 소멸시효가 진행되지 않는다.

 ④ 손금에 산입한 대손금을 회수하였을시 상각채권추심이익으로 이는 익금에 산입하여야 하나  기업회
    계기준에서는 대손충당금의 증가로 분개하도록 되어있으며 이 경우에도 결산시 비용 처리하는 대손
    충당금 전입액을 줄이는 효과가 있어 결산시 법인 순이익은 동일하므로 별도의 세무조정은 필요 없다.

 ⑤ 사용인이 법인의 공금을 횡령하여 동 사용인과 그 보증인에 대하여 횡령액의 회수를 위하여 구상채
     권을 행사하는 등 민형사상에 의한 제반절차를 취하였음에도 무재산 등으로 회수 할수  없는 경우
     동 횡령액을 대손처리 할 수 있는 것임

 ⑥ 부가가치세 대손세액공제도 대손상각과 같은 시기에 처리하여야 한다.
    부가가치세법에서 대손사유, 대손세액공제시기가 폐지되었고 법인세법을 준용하도록 규정되어 있으
    므로 대손세액공제사유, 대손세액공제 시기는 법인세법을 따라야 한다.
    따라서 대손상각하지 않고 대손세액공제를 받을 수 없고 대손상각 하였으나 대손세액공제 받지 않은
    경우 대손상각을 한 시점의 부가가치세 확정신고에 대하여 경정청구하여야 한다.
   ( 예: 2008. 12. 31. 대손상각 분개한 경우 2008. 2기 확정신고시 부가가치세 대손세액공제신청을 하여
    야 한다 )

 ⑦ 부가가치세 대손세액공제 받은 매출채권은 대손상각 할 수 없고 부가가치세 분개시 당해 매출채권
     을 상계하여야 한다.

 ⑧ 대손충당금의 설정시 대상채권의 1%와 대손실적율중 선택이 가능하므로 1% 한도액으로 인하여 한
     도초과액이 발생되는 경우에는 대손실적율을 검토해 보아야 한다.

 ⑨ 법인이 대손충당금과 채권등을 상계하였으나 세법상 대손사유가 아닌 경우에 법인은 대손충당금과
     상계하고 직접 손금산입이 되지는 않았지만 세무조정시 손금불산입하고 유보처리 한 후 추후 대손
     사유 확정시 추인하여야 한다.

 ⑩ 전기 대손충당금 한도초과액은 당기에 손금추인되고 당기의 대손충당금 한도초과액은 차기에 당연
     히 손금추인되므로 조정명세서 작성시 이와 같은 결과가 나오지 않을 경우 조정명세서 작성을 재검
     토하여야 한다.

7. 인건비

 ① 법인의 경영성과에 따라 지급받는 성과배분 상여금의 경우 근로자는 손금산입되나 임원은 손금산입
     할 수 없으며, 이를 주주총회 결의에 의하여 지급하고 이를 이익잉여금처분으로  계상한 경우에는 법
     인은 이익잉여금 처분결의일 (주주총회)이 속하는 사업연도의 손금산입되며 근로자의 경우 이익잉여
     금 처분결의일 (주주총회)이 속하는 연도의 근로소득으로 과세 한다.
    다만 노사합의서의 의하여 사전에 약정서가 작성되어있고 사업연도 말일에 미지급상여로 계상이 되
    어있다면 사업연도 말일의 손금산입이 가능하다.

 ② 임원의 경우 상여금에 대하여는 지급규정이 있어야 하며 지급규정을 초과하여 상여금을 지급하였거
     나 이익처분에 의하여 상여금을 지급한 경우에는 손금산입되지 않는다.

 ③ 임직원의 채용시 의무근무기간이 있는 스카웃비용은 급여의 선급으로 보고 해당 근무기간 경과시
     마다 급여로서 손금산입한다.

8. 퇴직급여

 ① 퇴직위로금. 공로금등의 지급근거가 다수의 퇴직자에게 적용되는 퇴직급여지급규정. 취업  규칙. 노
     사합의서에 의한다면 퇴직소득이나  예외적으로 재직시의 공로의 대한 보상적, 은혜적 성격의 금액
     인 경우에는 근로소득중 상여금으로 분류해야한다.

 ② 등기, 비등기 또는 출자 또는 비출자 유무를 불문하고 임원의 경우  퇴직금 중간정산제 대상이 되지
     않는다. 따라서 임원의 중간정산 퇴직금은 현실적인 퇴직시 까지 업무무관 가지급금으로 인정이자
    계산대상이 된다.
    ( 2010년 시행령 제44조 제2항 제5호 신설로 일정 요건에 해당하는 경우 임원의 중간정산도 가능하다 )

 ③ 다만 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환하면서 향후 퇴직금을 지급하지 아니하는 조건으로 그때 까
     지의 퇴직금을 중간정산하여 지급하는 경우에는 이를 현실적인 퇴직으로 인정한다.
    그러나 연봉제 시행중에 임원에게 퇴직금을 매년 지급하는 경우는 현실적인 퇴직이 아니므로 손금산
    입되지 않고 업무무관가지급금으로 본다.

 ④ 중간정산 퇴직금을 지급시 퇴직금으로 처리하고 퇴직소득 원천징수하여 원천징수영수증을 지급조서
     로서 다음연도 2월 말까지 제출하여야 한다. 중간정산퇴직금의 손금 귀속시기는 최초로 지급하는 시
     점을 기준으로 하며 미지급의 경우 손금산입 할 수 없다.

 ⑤ 관계회사 전출입시 전출법인에서 퇴직금을 정산하는 경우 현실적인 퇴직으로 처리할수 있으며, 퇴
     직금을 정산하지 않고 근속연수가 전입법인으로 승계되는 경우 퇴직급여충당금도 같이 인계되어야
     하며,  이때 퇴직급여충당금이 승계되지 않은 경우 전입법인에서 근로자가 퇴직시 손금산입은 근무
     기간에 의하여 안분하여 각각의 법인에서 손금산입하여야 한다.
    인계되거나 인수되는 퇴직충당금을 세무조정시 인수되는 금액은 퇴직충당금 기초가액에 가산하고
    인계되는 금액은 기초가액에 차감하여 세무조정한다.

 ⑥ 개인에서 법인전환시 퇴직급여충당금을 법인에게 인계시 퇴직급여추계액 전액이 인계되어야 하며
     만약 전액 인계되지 않은 경우 개인사업자가 부담해야할 퇴직급여를 법인이 부담하는 부분은 손금
    불산입되고 상여처분되며, 개인사업자의 법인전환시의 사업연도 퇴직급여는 소득세법상 한도액에
    관계없이 퇴직급여 추계액이 전액 필요경비 산입된다.
    개인에서 법인 전환시 사업의 포괄양수도의 경우가 아니라면 퇴직급여충당금을 법인으로 인계 할 수
    없으므로 주의하여야 한다.

9. 퇴직연금

10. 외화자산, 부채의 평가

 ① 기업회계기준에서는 화폐성 외화자산, 부채는 사업연도 종료일 현재 고시된 기준환율 또는 재정환
      율에 의하여 평가하여 외화환산이익  및 외화환산손실로 손익계산서에 각각 계상하여야하나 2008
      년 이후 법인세법상 인정하지 않는 것으로 개정되었으므로, 외화환산손익으로 평가손익이 계상되
     었다면 세무조정시 이를 부인하고 유보처분 하였다가 이후 해당 외화채권 채무의 상환이나 환전시
     추인되어야한다.

  ② 외화자산, 부채에 대하여 평가손익의 계산, 추후 유보금액의 추인등을 위해서 각 건별로 평가명세서
      가 작성 보관되어 계속적으로 사후관리 되어야하고, 전년도 평가이익발생으로 익금불산입한 금액
      이 당년도에 평가손실이 발생이 된 경우에도 이 평가 손실은 전년 익금불산입금액을 추인하는 것이
      아니고 손금불산입으로 각각 별도 관리되어야 하고 추후 처분시 당해 외화 자산, 부채에 대한 각각
      의 익금불산입 금액 손금불산입 금액을 추인하여야 한다.

 ③ 따라서 외부회계감사 대상 법인이 아니라면 외화평가를 안하는 것이 업무상 편리할 것이며  만약 외
     화평가를 해야 한다면 외화 자산, 부채가 각 건별로 평가및 세무조정사항이 당해 자산의 처분시, 부
     채는 상환시 까지 개별관리 되어야 합니다.

Ⅲ. 조특법상 세액감면, 세액공제

1. 중소기업특별세액감면

 ① 조특법상 중소기업에 해당하지만 중소기업특별세액감면을 받지 못하는 업종은 음식점업. 전시및 행
     사대행업. 예술관련서비스업중 자영예술가. 개인이 운영하는 의원, 치과의원, 한의원으로서 세무조
     정시는 중소기업에 해당하지만 중소기업특별세액감면은 받지 못한다.

 ② 수도권(서울. 경기 전체)은 지식기반 산업을 제외하고 소기업만 공제 대상이 됨에 주의 하여야 하며 ,  
     수도권 소재유무는  본사 및 사업장 모두 수도권외의 지역에 있을 경우만 수도권외 지역의 감면비율
     을 적용한다 ( 소기업 매출액 100억기준은 2010귀속 부터 적용 )

 ③ 제조 및 도매등 겸업법인의 경우 수입금액이 큰 주된 업종을 기준으로 소기업유무를 판단 하며 인원
     수 계산시 환산하지 않고 단순히 합계하여 소기업에 해당하면 중소기업업종 전체에 대하여 중소기
     업특별세액감면을 적용한다.

2. 창업중소기업. 창업벤처중소기업 감면

 ① 2009년 창업중소기업 감면 대상업종에 건설업. 음식점업. 출판업. 전기통신업이 추가되었으며, 수도
     권중 과밀억제권역에서 창업한 중소기업을 대상이 되지 않으나 창업벤처중소기업의 경우 과밀억제
     권역과 관계없이 감면대상에 해당한다.

 ② 감면기간은 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한날이 속하는 과세연도와  그 다음 과세연도의 개시
     일 부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 소득이 발행한 소득에 대한 법인세의 50%를 감면한
     다. 즉 창업일 부터 4년간의 감면이 아니고 최초로 소득이 발생한 연도 부터 4년간 감면대상이 된다.

 ③ 창업중소기업등 기업에 대해서는 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일 (창업벤처는 벤처기업으로
     확인받은 날)부터 2008년 등기부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등록세 및 취득세를  전
     액 면제한다.

 ④ 창업이란 개업과는 다른 개념으로서 새로운 사업장에서 신규로 종전 사업과 관계없이 새로운사업을
     시작하는 것을 말하며 기존 사업의 업종변경, 개인기업의 법인전환, 기존 공장의 인수 후 동일 업종의
     영위등은 창업으로 보지 않으므로 주의를 요한다.

 ⑤ 연도중에 벤처기업으로 지정을 받은 경우 그 사업연도 전체가 감면대상이며, 벤처기업지정이 취소
     되었거나 창업벤처중소기업 감면기간중에 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되어 벤처기업에 해당
     되지 않는 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도 전체 소득부터 세액감면을 적용 받을 수 없다.

3. 감면대상소득의 구분계산

 ① 소득세.법인세가 감면되는 사업과 과세되는 사업을 겸업하는 경우에는 감면사업과 과세사업으로
     구분하여 소득금액을 계산하여야 하며,  감면사업 만을 영위하는 경우에도 영업외 이 익중 수입이자
    . 고정자산처분이익. 유가증권처분이익. 자산수증이익. 국고보조금. 수입임대료. 수입배당금. 각종
    보상금등은 감면대상소득이 아니다.

 ② 택시회사의 부가가치세 경감세액. 화물운수회사, 여객운수회사가 지급받는 유가보조금은 감면대상
    소득에 해당하고, 지급이자, 외환차손익, 이월결손금은 감면소득에서 발생한 것이 분명할 경우 감면
    소득에서 가감하나 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산 한다.

4. 연구인력개발비 세액공제

 ① 부동산업. 소비성서비스업을 제외한 업종으로서 연구인력개발비에 대하여 일반기업은 4년 평균 연
     구개발비의 증가액에 대해서 40%와 당기 발생액의 6%중 를 그리고 중소기업의 경우 증가액에 대
    하여 50% 또는 당해연도 지출액에 대하여 25%를 선택해서 세액공제 받을  수 있으며  당기 비용으로
    처리 되었건 무형자산으로서 개발비로 처리되었던 세액공제는 가능하다.

 ② 직전 4년 연평균 발생액의 계산은 다음과 같이 하며 직전4년에 연구인력개발비 발생이 없었다면 증        
     가액 기준으로의 공제는 받지 못한다.

② 자체기술개발의 경우 연구전담부서는 기술개발촉진법시행 규칙 제5조의 규정에 따라 과학기술부장
   관(한국산업기술진흥협회장)에게 신고하여 확인서를 교부받은 기업의 연구개발전담부서,  기업부설
   연구소, 기업부설창작연구소를 말하는 것이다.

 ③ 연구전담부서 직원의 인건비란 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로
     지원하는 자의 인건비를 말하며,  인건비에는 퇴직금. 퇴직급여충당금전입액, 연월차수당, 여비 교
     통비, 복리후생비, 외부에서 위탁받은 연구용역을  수행하는 연구원의 인건비를 제외한다.   

 ③ 연구인력개발비 세액공제는 부동산업. 소비성서비스업을 제외한 모든 업종에 대하여 대기업과 중소
     기업의 구분. 수도권과 비수도권을 구분하지 않으며,
    농어촌특별세 해당 없고,  다른 세액공제 감면과 중복적용이 가능하며, 중소기업의 경우 최저한세가
    적용되지 않으며, 연구개발준비금 손금산입과 중복하여 공제가 가능하다.

5. 임시투자세액공제

 ① 2009년 투자분은 종전과 달리 수도권과밀억제권역에 대한 세액공제 배제 규정이 폐지되어  수도권
     중 과밀억제권역은 3% 그 외 지역은 10%가 해당되며 직전 3년 연평균 투자 초과금액의 10%를 추
     가하여 세액공제된다.

 ② 직전 3년 연평균 투자금액의 계산은 연구인력개발비 세액공제시 직전 4년 연평균액 지출액의 계산
      과 동일하며 다음과 같이 계산한다.

 ③ 사업용 자산이라 함은 감가상각 대상자산중 업종별 기준내용연수를 적용받는 사업 본래 목적에 해
     당하는 자산을 말한다. 따라서 집기비품 내용연수를 적용받는 사무용컴퓨터, 복사기, 차량 운반구 등
     은 대상 자산이 아니다.

 ④ 리스자산중에서 운용리스는 세액공제 대상 자산에서 제외되나 금융리스자산으로 신규취득한 경우는
    해당되며 운용 리스자산을 금융리스자산으로 변경한 경우는 새로운 투자로 보지 아니하는 것이므로
    중고자산의 취득으로서 임시투자세액공제 대상 투자로 보지 않는다.

 ⑤ 국고보조금을 받아 고정자산을 취득하였을 경우 일시상각 충당금 손금산입 여부와 관계없이 임시투
     자세액공제를 받을 수있다.   

 ⑥ 수도권과밀억제권역의 투자라 함은 법인 본점소재지 기준이 아니고 당해 신규투자자산을 직접 사
     용하는 사업장을 기준으로 판단하여야 한다.

 ⑦ 금형은 임시투자세액공제 대상자산이 아니다.
    주유소의 경우 주유기는 대상자산에 해당하나 자동세차기는 대상자산이 아니다.
    지게차의 경우 창고 보관업의 경우 대상자산에 해당하나 제조 및 광업의 경우 대상자산이 아니다.

 ⑧ 2006년 이후 처분하는 자산은 투자완료일로부터 2년이 경과하기 전에 당해 자산을 처분하는 경우
     이자상당액을 가산하여 세액공제를 추징한다.

6. 전자신고 세액공제

 ① 납세자의 직접 전자신고는 법인세, 소득세는 2만원씩. 세무사가 납세자를 대리하여 전자신고하는 경
     우 직전과세기간동안 부가가치세와 법인세를 모두 전자신고한 경우 1인당 4만원씩 공제 하되 개인
     세무사는300만원 세무법인은800만원을 한도 한다.

 ② 면세사업자와 비사업자에 대한 법인세 전자신고 및 부가세신고는 사업자가 직접하고 법인세 신고만
     세무사가 전자신고한 경우에는 세액공제 받을 수 없다.

 ③ 부가세와 소득세 전자신고를 한 세무사가 동일인이 아닌 경우에도 소득세, 법인세 신고를  한 세무사
     가 세액공제 받을 수 있는 것으로 국세청이 발간한 세무사를 위한 종합소득세 확정신고 안내책자에
     나와 있었으나 최근 국세청예규 (소득-1325 : 2009.09.01)에서는 세액공제가 안되는 것으로 나왔습
     니다.
   따 라서 연도중에 개인세무사에서 세무법인으로 전환하여 세무법인 전환후 7월의 1기 부가세 확정신
   고를 세무법인 자격으로 한 경우에는 특별히 주의를 요합니다.

7. 지급조서 세액공제

 ① 지급명세서상 소득자 1인당 100원 일용근로자 300원씩 개인세무사 200만원 세무법인 300만원을 한
     도로 세액공제한다. 세액공제 대상이 되는 지급조서란 이자. 배당소득 지급조서는  제외되며  근로.
     퇴직. 원천징수 사업소득. 기타소득. 봉사료 원천징수. 비거주자의 국내소득 원천징수를 말하며 지
     급조서에 갈음하여 제출하는 근로소득 지급명세서등의  명세서도 해당된다

 ② 지급조서 세액공제는 지급조서등의 제출기한 경과 후 최초로 과세표준 및 세액을 신고하는 소득세
     또는 법인세의 납부세액에서 지급조서세액공제를 공제하므로 2010년 3월 말까지 법인세 신고하는
     세무법인의 경우 2009. 4.1-2010.3.31 까지의 지급조서 전자제출에 대하여 세액공제 된다.

8. 정규직 전환 세액공제

 ① 중소기업이 2007년 12월 31일 당시 고용하고 있는 일용근로자를 2009년 12월 31일 까지 정규직으
     로 전환하는 경우 전환하는 인원수에 30만원을 곱한 금액을 당해 사업연도 법인세및 사업소득세에
    서 공제한다.

 ② 일용근로자라 함은 기간제근로자. 단시간근로자. 파견근로자를 말한다.

 ③ 공제받은 자가 정규직 근로자로의 전환을 한 날부터 1년이 지나기 전에 해당 정규직 근로자와의 근
     로관계를 종료하는 경우에는 근로관계를 종료한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 공제받은
     세액상당액에 이자 상당액을  가산하여 납부하여야 한다.

 9. 세액공제 감면의 신청 요건

 ① 법인세법 및 조특법상 세액공제와 감면의 경우 이를 적용 받고자 하는 경우 해당 법규정에 신청하여
     야 한다라고 되어있으나 이는 행정협조사항이므로 설령 신청을 하지 않았거나, 다른 세액공제 감면
     으로 정정하고자 하는 경우 소급하여 신청하면서 경정청구나 수정신고 또는 세액공제의 이월이 가
     능합니다.

 ② 납세자의 선택에 의하여 적용이 가능한 국고보조금의 손금산입. 보험차익 손금산입. 합병이나 분할
     시 고정자산 평가차익의 손금산입. 공장이전등에 의한 양도차익의 과세이연. 결손금의 소급공제. 연
    구인력개발비 준비금 손금산입은 반드시 해당과세연도 법인세 신고시 세무 조정 및 신청서가 제출된
    경우에 한하여 적용합니다.

 10. 수도권중 과밀억제권역에 대한 배제 규정

 ① 디지털 방송장비와 정보통신장비 투자는 아래의 3가지 유형 모두를 적용받지 않습니다.
    즉 모든 기업이 창업일자, 중소기업유무와 관계없이 투자세액공제를 받습니다.

 ② 산업단지 및 공업지역안에서의 투자는 89년 이전 창업기업과 90년 이후 창업중소기업의 경우 모든
     투자에 대하여 각종 투자세액공제를 받을 수 있습니다.

 ③ 아래표는 각종 투자세액공제 대상 투자중 위의 ① ②를 제외하고 과밀억제권역안에서의 투자세액공
     제를 받지 못하는 투자의 경우입니다.

11. 조세특례제한법상 세액공제 감면시 주의할 사항

※1. 수도권과밀억제권역외 공장이전중 지방이전은 2007년부터 최저한세 적용되지않는다.

※2. 세액감면과 세액공제 중복적용 여부의 판단.

  ① 감면과 감면 : 동일사업장 동일 소득에 대하여 감면은 중복적용되지 않는다. 사업장이 다르거나
      동일 사업장이라도 소득이 다른 경우 감면은 각각 달리 적용할 수 있다.

   ② 공제와 공제 : 동일자산에 대한 투자세액공제는 중복 적용되지 않으나  투자자산이 여럿  있을 경
      우 각 자산별로 투자세액공제를 달리 할 수 있고 그 외 세액공제는 중복적용 가능하다.

   ③ 감면과 공제 : 감면과 각종 투자세액공제는 중복 적용되지 않습니다. 동일연도 동시적용이 안되
       고 이월된 세액공제와 당해연도감면은 중복적용된다.

12. 분류시 주의해야 할 업종

   ○ 업종분류에 대한 문의 (통계청 상담실) 02-2012-9114

출처: 이택스코리아

국세청은 세무조사 직후 법인세 신고세액이 급격히 하락한 법인에 대하여 그 사유를 분석하기로 했다.

세무조사를 받은 법인이 당분간 조사가 없을 것으로 예상하여 법인세를 대폭축소 신고하는 방식으로 세부담을 조정한 혐의사례가 다수 포착됨에 따라 기업들이 매년 평균적으로 부담할 세액을 미리 조정하여 사업실적을 제대로 신고·납부하지 않는다는 의혹이 사실인지 파악하기로 했다.

≪조사 직후 신고소득률 급감 사례≫

우선, 2006년부터 2008년 사이에 세무조사를 받은 법인으로 조사 직후에 신고소득률이 전년 대비 급격히 하락한 62개 법인을 중점관리대상으로 선정하고, 지난 1월말 해당 법인들에게 신고소득률이 급감한 사유를 제출하도록 안내문을 발송했다.

앞으로 국세청은『당초 조사를 담당했던 각 지방청 조사국』에서 법인이 제출한 설명서와 법인세 신고내용, 관리 중인 각종 탈세정보자료 등을 바탕으로 고의적인 축소 신고여부를 정밀분석하고, 탈세혐의가 있으면 조사대상으로 선정하는 등 관리를 강화할 방침이다.

이번에는 비교적 규모가 큰 대법인 중심으로 시범 관리하되 앞으로는, 올해 각 지방청에 신설된 심리분석전담팀에서『조사받은 법인』전반에 대해 상시 분석할 계획이다. 이승호 조사1과장은 12월말 법인의 결산시기를 맞이하여 영업실적에 맞는 소득금액이 성실하게 신고·납부될 수 있도록 기업들이 결산내용을 다시한번 점검해줄 것을 당부했다.

- 문 의 : 조사국 조사1과 이장춘 사무관(02-397-1962)