개인기업 법인전환에 대한 조세특례 - - 손상익 세무사

개인기업 법인전환에 대한 조세특례

                                                                [필자 註]
              개인기업의 법인전환 절차와「법인전환 관련 조세특례」의 내용을 검토하기로 한다.
 

I.  개인기업 법인전환의 의의

1.  법인전환의 개념

개인기업 법인전환이란 개인사업자가 경영하던 기업을 사업의 동질성을 유지하면서 법인형태로 조직을
변경하여 사업을 계속하는 것을 말한다.

2.  법인전환의 방식

 일반적으로 개인기업의 법인전환 방법을 「사업양수도방식」과 「현물출자의 방식」으로 구별하여 설
명하고 있다.

 (1)  사업양수도방식

 개인 기업주가 발기인이 되어 법인을 먼저 설립하고, 그 설립된 법인에게 개인기업을 포괄양도하는 방
식을 의미한다.

 (2)  현물출자방식

개인기업주가 개인기업의 사업용자산과 부채를 현물출자하여 법인을 설립하는 방식을 의미한다.

3.  법인전환에 대한 조세지원의 취지

법인기업으로 전환하게 되면 출자자와는 독립적인 인격체이므로 대외적인 신용도면에서도 유리하고, 자
금조달면에도 적합하며, 국가 경제적인 차원에서도 개인기업 보다는 법인기업이 바람직하므로 현행 조
세특례제한법은 양도소득세·취득세·등록세 등에 대하여 지원하는 규정을 두고 있다.

4.  법인전환 유형과 조세지원

 개인 기업이 법인으로 전환하는 경우에 조세지원 수혜 여부에 따라 다음 4가지로 분류할 수 있으며, 그
전환절차에 따라 구분하면 현물출자 방식과 사업양수도 방식으로 구분할 수 있다.

현행 조세특례제한법은 조세특례규정으로서 제31조[중소기업간 통합에 대한 양도소득세 이월과세]규
정과 제32조[법인전환에 대한 양도소득세 이월과세]규정을 두고 있으며, 조세특례제한법 제119조[등
록세의 면제 등] 및 제120조[취득세의 면제 등]에 대한 규정을 두고 있다.
그러나 개인 기업이 부동산 등을 소유하고 있지 않은 상태에서는 양도소득세 또는 취득세·등록세의 과세
대상이 발생하지 않으므로, 해당 법령의 조세특례를 받을 필요성이 없거나 낮을 수 있다. 이하 개인기업
의 법인전환 유형을 구분하여 검토하면 다음과 같다.

구     분	일반 사업양수도 현물 출자	세감면 사업양수도	세감면  현물출자	중소기업 통합
개인의 양도소득세	과세	이월과세	이월과세	이월과세
부동산 이전    등록세    취득세	과세 과세	면제 면제	면제 면제	면제 면제
차량 등의 이전    등록세    취득세	과세 과세	면제 면제	면제 면제	면제 면제
법인설립등기   등록세(교육세)	과세	과세	과세	과세
부가가치세	과세제외  (포괄승계시)	과세제외	과세제외	과세제외
인지세, 면허세	부담	부담	부담	부담
이월세액공제	적용아니함	적용	적용	적용
개인기업 감면승계	승계 아니함	승계	승계	승계
관련 법령		조특법32	조특법32	조특법31

5.  법인전환 유형의 선택

 (1)  개인사업자의 사업용 부동산 소유 및 승계여부

 개인사업자가 사업용 부동산을 소유하고 있는가, 소유하고 있는 경우 이를 법인에 승계할 의사가 있는
가에 따라 법인전환의 유형선택이 달라질 수 있다.

1)  개인사업자가 부동산을 소유하고 있지 않은 경우

 개인사업자가 부동산을 소유하고 있지 않는 경우에는 조세특례제한법 제32조[법인전환 이월과세 특례
]를 적용하여도 특별한 실익이 없다. 따라서 부동산을 소유하고 있지 않은 개인기업의 법인전환방법은
일반사업양도·양수에 의한 법인전환방법을 적용하는 것이 절차상 더 유리할 수 있다. 그러나 부동산을
소유하고 있지 않더라도 차량운반구 등의 보유금액이 중요하여 차량운반구 관련 취득세·등록세의 부담
이 큰 경우에는  조세특례제한법 제32조[법인전환 이월과세 특례]를 적용할 필요가 있다.

 2)  부동산을 소유하고 있어도 승계하지 않는 경우

 개인사업자가 사업용 부동산을 소유하고 있어도, 당해 부동산을 법인에게 승계하지 않고 개인이 소유하
면서 법인에 임대하는 경우에는 조세특례제한법 제32조[법인전환 이월과세 특례]를 적용하지 않을 수
있다. 따라서 이 경우에도 일반사업양도·양수에 의한 법인전환방법을 적용하는 것이 절차상 더 유리할
수 있다.  그러나 이 경우에는 개인사업자의 임대소득에 대한 소득세부담과 설립되는 법인의 재무구조
등 다른 문제를 추가로 검토하여야 한다.

(2)  2 이상의 개인사업을 법인으로 전환하는 경우

 2 이상의 개인사업체를 법인으로 전환하면서 하나의 법인으로 통합하고자 할 때에는 조세특례제한법
제31조의 [중소기업간 통합에 의한 이월과세]의 방법을 적용받을 수 있다.

(3)  조세특례 적용요건 해당여부

 조세특례제한법 제31조·제32조의 조세특례를 적용받는다는 것은 당해 특례의 적용요건에 해당함을 의
미한다. 당해 특례적용요건에 해당하지 않는 경우에는 법인전환과정에서 비용이 최소화되는 방식을 적
용해야 할 것이다. 현물출자에 의한 법인전환방식을 적용하는 법원검사인에 대한 수수료 또는 공인된
감정기관의 감정수수료가 소요되므로, 일반사업양도·양수에 의한 법인전환방법이 더 유리할 수 있다.

II.  개인기업 법인전환의 과정

1.  개인기업 결산 및 순자산가액 결정

 법인전환을 하기 위해서는 개인 기업의 결산과정과 순자산가액의 결정과정을 진행하여야 한다.

 (1)  개인 기업의 결산

해당 연도 1월1일부터 법인전환일기준일까지의 기간에 대하여 개인기업의 결산을 하고, 법인전환기준일
의 재무제표를 작성하여야 개인기업의 순자산가액을 산출할 수 있다.

 (2) 순자산가액의 결정

법인 전환기준일을 기준으로 개인기업의 순자산 가액을 결정한다. 순자산가액은 다음의 산식으로 계산
된다.

순자산 가액 = 법인전환일 현재의 자산가액 - 법인전환일 현재의 부채

    ① 자산가액은 시가로 평가하며 부채에는 충당금을 포함한다.
    ② 시가는 감정평가법인이 감정한 가액과 상속세 및 증여세법상의 규정을 준용하여 평가한 금액을 적
         용한다[조특통32-29…2].
    ③ 순자산가액을 계산함에 있어서 영업권은 포함하지 아니한다.

2.   개인기업 결산시 유의할 사항

 (1)  개인기업 대표에 대한 가지급금 · 가수금의 출자금 차가감

개인기업 대표에 대한 가지급금이나 가수금은 결산재무제표에 나타낼 필요가 없으므로 이를 개인기업
대표의 출자금에서 가감하도록 한다.

 (2)  연구 및 인력개발 준비금 등의 처리

 조세특례제한법상 연구 및 인력개발준비금 등 제준비금은 전액 환입한다. 조세특례제한법상 준비금을
당해연도 소득금액계산상 필요경비로 산입한 개인사업자가 당해 사업용자산을 현물출자하여 법인으로
전환하였을 경우에는 당해 개인 사업은 폐업한 것으로 보는 것이므로 총수입금액에 산입하지 아니한 해
당 준비금계정의 전액을 당해 법인으로 전환하는 당해연도의 총수입금액에 산입하는 것으로 해석하고
있다[서일46011-11703, 2002.12.16.].

 (3)  퇴직급여충당부채 및 대손충당금 등의 승계처리

개인사업자의 직원을 법인이 승계하는 경우에 해당 직원에 대한 퇴직급여충당부채는 법인 전환시 법인
에게 승계한다. 승계 후 법인에서의 퇴직급여충당부채 세무조정에 대해서는 별도로 검토하기로 한다. 개
인사업자의 채권을 승계하는 경우에 해당 채권에 대응하는 대손충당금도 함께 승계한다.
[해석사례] : 사업자가 다른 사업자로부터 사업을 포괄적으로 양도ㆍ양수함에 따라 종업원 및 당해 종업원에 대
한 퇴직급여충당금을 승계받은 경우에는 이를 양수한 사업자의 퇴직급여충당금으로 본다[소기통27-5].

 (4)  미지급소득세의 처리

 개인사업자의 미지급소득세는 출자금과 상계하여 회계처리하고 순자산가액을 감소시키는 방법으로
결산회계처리를 할 수 있다. 법인전환을 하는 경우, 개인사업자의 미지급소득세는 전환되는 법인의 부채
로 보기 어려우므로 미지급소득세는 출자금과 상계하는 회계처리를 하는 것이 적절할 것으로 판단된다.

 (5)  개인 기업의 차입금 처리

① 개인 기업이 법인 전환전에 부담하고 있던 차입금 등의 채무도 업무와 관련된 차입금인 경우에는 법
인 전환시 법인에게 승계하도록 한다.
② 개인 사업자의 업무와 관련되지 않는 사적인 차입금(예: 가사관련 차입금)은 개인 사업자의 재무제표
에도 표시할 사항이 아니다. 그러나 만일, 법인 전환전에 개인사업자의 장부에 업무와 관련되지 않는 사
적인 차입금이 계상되어 있다면, 동 차입금은 전환되는 법인에게 승계하지 않도록 한다.

3.  법인자본금 결정

 조세특례제한법 제32조[법인전환 관련 양도소득세 이월과세]의 특례를 적용받기 위해서는 개인기업
순자산평가액이 될 수 있도록 신설법인의 자본금을 결정하여야 한다.

4.  현물출자 또는 사업양수도 방식의 적용

법인전환방식을 「현물출자방식」으로 할 것인지 「사업양수도」방식으로 할 것인지를 결정하고 그에
따른 법인설립 또는 사업양도양수절차를 진행한다.

5.  법인전환 후 관리과정

 법인전환 후에도 다음과 같은 사후관리 절차를 수행하게 된다.

 (1)  개인사업자 폐업 및 부가가치세 확정신고

  ① 법인전환일을 기준으로 개인사업자는 폐업을 하고,  폐업일 후 25일내에 부가가치세확정 신고를 한
      다.
  ② 개인사업자 등록증 반납
  ③ 폐업관련 부가가치세 확정신고시, 개인기업 법인전환에 의한 폐업임을 확인할 수 있도록 한다.

 (2)  개인의 종합소득세 신고

과세연도 개시일(1월1일)부터 폐업일까지의 개인소득(또는 결손금)에 대하여 다음연도 5월 31일까지 주
소지 관할세무서에 종합소득세 과세표준 확정신고를 한다.

 (3)  부동산 명의 이전

 ① 부동산 : 토지, 건물, 소유 이전 등기
 ② 기 타 : 기계 설비, 차량, 전화 등
 ③ 취득세, 등록세 신고 및 면제(확인)신고[감면대상인 경우]( 취득일후 30일 이내 )

 (4)  기타 변경 사항 신고

 ① 공장 등록 변경 ( 시, 군, 구청의 산업과에 신청 )
 ② 금융기관의 예금, 차입금(저당권 설정 채무자) 등의 명의 변경
 ③ 조합, 협회의 명의 변경

6.  양도소득세 예정신고 및 이월과세 적용신청

조세특례제한법상 양도소득세의 이월과세를 적용(조세특례적용대상이 되는 경우)받고자 하는 자는 양
도일 속하는 달의 말일부터 2개월 이내 양도소득세 예정신고와 함께 양도소득세 이월과세 적용신청서[
조세특례제한법 시행규칙 (별지 제12호 서식)]를 제출하도록 한다.

 

III.  법인전환시 조세특례 적용요건

1.  적용대상업종

 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한 법인으로 전환을 하여야 한다. 2002년말 개정 조세특례제한
법에서 적용대상 업종을 열거주의에서 포괄주의로 개정하였고, 소비성서비스업을 제외하는 법인으로
법인 전환을 하는 경우에 적용대상이 되는 것으로 하였다[조특법32①].

2.  법인전환 방법

 (1)  법인전환방법

 거주자가 사업용고정자산을 ① 현물출자하거나 ② 사업양수도방법에 의하여 법인(조세특례제한법 시
행령 제9조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한 법인)으로 전환하는 경우
당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용 받을 수 있다.

 (2)  사업양수도방법의 법인전환시 요건

 이 경우 사업양수도방법의 법인전환은 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 법인으로 전환하는
사업장의 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월이내에 해당 법인에게
사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것」을 요건으로 하고 있다[조특령29②].
[주]: 사업양수도방식 법인전환시 소급하여 1년 이상 사업을 영위해야하는 요건삭제[2006.2.9.].

 유의할 점은 상기 사업양수도방법의 법인전환의 요건에는 다음의 항목을 포함하고 있다.
 ① 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 법인을 설립할 것
 ② 당해 사업을 영위하던 자가 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립
     할 것
 ③ 법인설립일부터 3월이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도할 것

3.  최저 자본금 요건

 새로이 설립되는 법인의 자본금이 「법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액」이상인 경우에 한하여
적용한다[조특법32②]. “사업장의 순자산가액”은 시가로 평가한 사업용고정자산의 합계액에서 충당금
을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다[조특령29④].
[주]: 최저자본금의 요건[새로이 설립되는 법인의 자본금이 「법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액」이상
        일 것]은 현물출자방식과 사업양수도방식에 모두 적용된다.

 「순자산가액」은 사업용고정자산을 「현물출자」하거나 「사업양수도」하여 법인으로 전환하는 사업
장의 순자산가액으로서 조세특례제한법 시행령 제28조[중소기업간통합 관련 양도소득세 이월과세규정
] 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다[조특령29④].

 해당 준용규정에 의한 「순자산가액」은 법인전환으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액으로
서 법인전환일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액
을 말한다.

순자산가액 = 시가로 평가한 자산합계액  － 부채합계액(충당금 포함)

4.  이월과세적용대상 사업용 고정자산

 개인기업 법인전환 관련 규정인 조세특례제한법 제32조에서는「사업용 고정자산」의 범위를 규정하
고 있지 않다. 그런데 조세특례제한법 제31조[중소기업간 통합에 대한 양도소득세 이월과세 등」에서
「사업용 고정자산의 범위」를 시행령에 위임하면서「이하 사업용 고정자산이라 한다」라는 표현을 하
고 있다. 따라서 「사업용 고정자산의 범위」를 조세특례제한법 제31조[중소기업간 통합에 대한 양도
소득세 이월과세 등」에서 제시한 내용과 동일하게 해석할 수 있을 것으로 판단된다.  

 (1)  사업용 유형자산 및 무형자산

 “이월과세 적용대상 사업용고정자산”이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(19
81년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동
산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

 (2)  업무무관부동산의 범위

 “법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산”이라 함은 법인세법시행령 제49조[업
무무관자산의 범위] 제1항 제1호[업무무관부동산]의 규정에 의한 업무와 관련이 없는 부동산(이하 “업
무무관부동산”이라 한다)을 말한다. 즉, 1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 업무무관부동
산은 중소기업간 통합에 의하여 승계를 하더라도 양도소득세 이월과세를 적용받지 못하는 것이다.

(3)  업무무관 부동산의 판정기준시기

중소기업 간의 통합에서 업무무관부동산에 해당하는지의 여부에 대한 판정은 양도일을 기준으로 한
다[조특칙15③].

5.  순자산가액 관련 해석사례

 (1)  법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 계산

 조세특례제한법 제32조의 규정을 적용함에 있어 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여
법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액이란 같은법 시행령 제28조 제1항 제2호의 규정에 따라 “법인
전환일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액”을 말
하는 것임[서면2팀－366, 2005.3.4.].

 (2)  부도어음을 자산가액에 포함한 경우

 개인의 사업양도에 의한 법인전환시 순자산가액을 계산함에 있어서 부도어음금액은 법인에 순자산가
액 이상으로 출자하였는지 여부를 고려하여 사업양도일 현재의 시가로 평가하여 시가에 미달하는
금액을 공제함[감심2004－125, 2004.9.23.].

 (3) ‘개인사업자가 출자한 주식가액’과 순자산가액

 ‘전환법인의 자본금’은 법인전환하는 개인사업장의 순자산가액을 초과하나, ‘개인사업자가 출자한 주식
가액’이 그 순자산가액에 미달하므로 ‘사업양수도방법에 의한 법인전환’에 해당하지 않아, 면제한 취득
·등록세 추징됨[지방세심사2002－405, 2002.12.23.].
[주]: 개인사업자가 전환하는 사업장의 순자산가액 이상 출자해야 하는 요건은 ‘사업양수도방법에 의한 법인
전환’에 적용된다.

6.  이월과세의 적용신청

 조세특례제한법상 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날
이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 이월과세적용신청서를 납세지 관할
세무서장에게 제출하여야 한다[조특령29③].

7.  적용시한

2012년 12월 31일까지 법인으로 전환하는 경우에, 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받
을 수 있다[조특법32①]. 2009년5월21일 조세특례제한법 개정에서 적용시한을 연장하였다.

 

IV.  조세특례의 내용

1.  양도자(거주자)에 대한 조세특례：[양도소득세의 이월과세]

 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 거주자가 요건을 충족
하는 경우에, 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다(조특법32①).

 ① 조세특례제한법 제6조 규정에 의한 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용받던 개인사업자가 같
은법 제32조의 규정에 의하여 법인으로 전환하는 경우에는 전환 후 법인이 개인사업자의 잔존 감면기
간 동안 세액감면을 승계하여 적용받을 수 있는 것으로서, 동 규정에 의한 요건을 모두 갖추어 법인으로
전환된 후 개인주주가 소유주식의 일부를 양도하는 경우에도 잔존감면기간 동안 세액감면을 적용
받을 수 있는 것임[서면2팀－1871, 2004.9.9.].

 ② 공장밖에 있더라도 종업원기숙사로 사용된 아파트는 사업용고정자산에 해당되어 법인 전환시 현
물출자로 인한 양도소득세감면규정[종전의 특례규정] 적용됨[국심97서695, 1997.8.22.].

 

2.  전환되는 법인에 대한 조세특례

 (1)  잔존공제·감면기간의 승계

 전환되는 법인에 대하여는 개인기업 당시의 감면·공제 등에 대하여 승계하여 공제받을 수 있도록 하고
있는데, 그 내용은 「중소기업간의 통합 관련 규정」을 준용한다(조특법32④).

① 「창업중소기업·창업벤처중소기업·농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면」
「창업중소기업·창업벤처중소기업·농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면」을 받는 내국인이 당해
감면기간이 경과되기 전에 통합을 하는 경우 통합법인은 잔존감면기간에 대하여 법인세, 소득세, 재산
세의 감면규정을 적용받을 수 있다. 다만, 「재산세의 감면규정」을 적용함에 있어서는 통합전에 취득
한 사업용재산에 한한다[조특법31④].
 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업 또는 창업벤처
중소기업이나 농공단지·개발촉진지구 및 지방중소기업특별지원지역의 입주기업으로부터 승계받은 사업
에서 발생하는 소득 또는 승계받은 사업용 재산에 대하여 통합당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각
과세연도 또는 납기분까지 그 감면을 받을 수 있다. 적용받고자 하는 법인은 조세특례제한법 시행령 제
5조 제9항 또는 제61조 제3항의 규정을 준용하여 감면신청을 하여야 한다.

② 「수도권외지역 이전 중소기업, 농업회사법인에 대한 세액감면」
 「수도권외지역 이전 중소기업, 농업회사법인」이 감면기간이 경과되기 전에 통합을 하는 경우 통합
법인은 잔존감면기간에 대하여 법인세·소득세의 감면규정을 적용받을 수 있다[조특법31⑤].
잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 사업
에서 발생하는 소득에 관하여 통합당시 잔존감면기간 내에 종료하는 각 과세연도분까지 그 감면을 받을
수 있다.  적용받고자 하는 법인의 감면신청에 관하여는 조세특례제한법 시행령 제60조 제4항 또는 제6
5조의 규정은 이를 준용한다[조특령28⑦].

③ 「세액공제액의 이월공제규정에 의한 미공제세액의 이월공제」
 「세액공제액의 이월공제규정에 의한 미공제세액」이 있는 내국인이 통합을 하는 경우 통합법인은 통
합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 자산에 대한 미공제세액상당액을 당해 중소기업자
의 이월공제 잔여기간내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있다[조특법31⑥].

 (2)  취득세와 등록세의 면제

개인기업 법인전환 규정(조특법 제32조)에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산
에 대하여는 취득세를 면제하고, 당해 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 한다. 다
만, 취득일 또는 등기일부터 2년이내에 「정당한 사유」 없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분
(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다[조특법119④, 120⑤].
[주]：2006.12.30. 조특법 개정에서 「현물출자」에 대한 취득세·등록세 면제규정을 「사업 양수도 방식 법인전
          환」과 동일하게 사후관리하는 것으로 개정하였다.
[주]：「정당한 사유」의 범위[조특령116⑨]앞에서 언급한 “정당한 사유”라 함은 다음 중 어느 하나에 해당하는
            경우를 말한다. “정당한 사유”를 규정한 조세특례제한법 시행령 제78조 제3항이 2007년2월28일 삭제
            되었지만, 종전 규정에서 다음과 같이 규정하고 있었다.
       ㉠ 당해 사업용 재산이 토지수용법 그 밖의 법률에 의하여 수용된 경우
       ㉡ 법령의 규정에 의한 폐업·이전명령 등에 의하여 당해 사업을 폐지하거나 당해 사업용재산을 처분
           하는 경우

3.  개인기업 법인전환 관련 해석사례

 (1)   현물출자당시 외화 환산손익 처리

개인사업자가 자산과 부채를 평가하여 현물출자 방식에 따라 법인으로 전환하는 경우, 당해 부채에 포함
된 화폐성 외화부채의 장부가액과 현물출자당시 평가된 가액과의 차손익은 법인으로 전환하는 연도의 총
수입금액 또는 필요경비에 산입하는 것임[소득세과-738, 2009.05.21.].

 (2)  동일한 업종으로 전환하거나 업종을 추가 또는 변경하는 경우

 조세특례제한법 제32조의 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 규정을 적용함에 있어, 동일한 업종
으로 전환하거나 업종을 추가 또는 변경하는 경우에도 동 규정을 적용받을 수가 있는 것임[재산세과-25
84, 2008.09.02.].

 (3)  임대사업자가 법인전환 후에도 계속 임대사업에 사용하는 경우

 임대사업자가 법인전환 후에도 계속 임대사업에 사업용재산 제공하는 경우라면 조세특례제한법 제119
조 제4항 단서 및 같은 법 제120조 제5항 단서의 "정당한 사유없이 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)"
하는 것으로 볼 수 없음(행정자치부 세정과-2011, 2004.7.12. 참조)[도세과-131, 2008.03.21.].

 (4)  양도소득세의 이월과세의 의미

「조세특례제한법」제32조에 의한 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용함에 있어 "이월과세"
는 같은법 제2조 제1항 제6호에 의해 개인이 종전 사업용고정자산 등을 법인에게 양도한 날이 속하는
과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아「소득세법」제104조의 규정에 의해 양도소득 산출세액 상당
액을 계산하여 법인세로 납부하는 것임[서면2팀-993, 2007.05.23.].

 (5)  사업양수도 방식 적용시 시가의 적용방식

「조세특례제한법」제32조(법인전환에 대한 양도소득세 이월과세) 제2항 및 같은법 시행령 제29조 제4
항의 규정을 적용함에 있어 "사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액"은 법인전환일 현
재의 "시가"로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말하는 것이
며, 이 경우 "시가"는 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되
는 가액으로 하고 수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등「상속세 및 증여세법 시행령」제49조의 규정에 의
하여 시가로 인정되는 것을 포함하는 것임[서면2팀-2320, 2006.11.13.].

 (6)  법인전환시 재고자산에 대한 시가산정

 개인사업자가 조세특례제한법 제32조의 규정에 따라 법인전환하는 경우 재고자산에 대한 시가산정은
불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액을 말하며, 수
용ㆍ공매가격 및 감정가액 등 상속세및증여세법시행령 제49조의 규정에 의하여 시가로 인정되는 것을
포함하는 것임[서면2팀-1713, 2006.09.08.].

 (7)  이월과세적용신청서를 확정신고기한 이후 제출한 경우

 ① 「조세특례제한법」제32조 제1항의 규정에 의하면, 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하여 법인
으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고,
동법 시행령 제29조 제3항의 규정에 의하면, 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 이월과세를
적용받고자 하는 자는 현물출자한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 새로이 설립되는 법인과 함
께 이월과세적용신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

 ② 조세감면의 경우 감면요건을 충족하는 경우에는 감면신청을 하지 않더라도 감면대상이 되는 것으
로 해석함으로써 위 기한 내 제출규정을 단순한 협력의무에 불과한 것으로 보고 있으나, 이건은 조세감
면이 아니라 이월과세에 관한 것이고, 조세감면의 경우 납세자가 변경되지 않지만 이월과세의 경우는
납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과하여야 할 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있기
때문에 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점을 감안할 때, 이월과세적용신청서의 기한(당해 과세연
도의 과세표준 확정신고) 내 제출규정을 납세자의 단순한 협력의무로 보기 보다는 최소한 당해 과세연
도 과세표준확정시까지 납세자가 이를 선택하도록 한 것으로 봄이 타당하다.

 또한, 「국세기본법」제45조의 2 제1항 제1호의 규정에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에
제출한 후 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액
을 초과하는 때에 한하여 경정청구하도록 규정하고 있고, 이건은 당초 과세표준신고서에 기재된 과세
표준 및 세액이 적법하게 신고되었다는 점에서 「국세기본법」제45조의 2 제1항의 규정에 의한 경정청
구대상으로 보기도 어렵다.
 따라서, 2004.5.31. 청구인이 쟁점 부동산의 현물출자에 대한 양도소득세 확정신고를 한 후 2004.8.25.
경정청구서를 제출하면서 양도소득세 이월과세적용신청서를 제출한 것에 대하여, 경정청구를 거부한
이건 처분은 잘못이 없다고 판단된다[국심2005중3473, 2006.6.26.].
[주]: 이월과세적용신청서를 확정신고기한 이후 제출한 것은 양도소득세 이월과세 적용대상이 아니므로 경정청
구를 거부한 사례이다. 이월과세적용신청을 감면신청과는 다르게 해석하고 있다는 점에 주의하여야 한다.

 (8)  부동산임대업을 영위하는 사업자의 법인전환

① 부동산임대업을 영위하는 거주자가 임대용으로 사용하던 부동산을 현물출자하거나 조세특례제한법
시행령 제29조 규정의 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우 당해 부동산에 대하여는 양도
소득세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것임[서면4팀－1899, 2004.11.24.].

② 부동산임대업을 영위하는 거주자가 임대용으로 사용하던 부동산을「조세특례제한법」제32조 및 동
법 시행령 제29조의 규정에 의하여 현물출자하거나 사업양수도방법에 의하여 법인(소비성서비스업을
영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 부동산에 대하여는 양도소득세의 이월과세를 적용
받을 수 있는 것임[서면5팀-483, 2008.03.07.].

 (9)  이월과세 적용대상 자산 :[건설중인 자산은 적용제외]

 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 적용시 사업용고정자산이란 당해 사업에 직접사용하는 유형자산
과 무형자산을 말하는 것으로 건설중인 자산에 대하여는 당해 규정이 적용되지 아니하는 것임[서면4팀
－1447, 2005.8.18.].

 (10)  순자산가액의 출자시기

 조세특례제한법 제32조 제2항에서 “제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정
하는 금액 이상인 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있으므로 동법 시행령 제29조 제4항의 순자
산가액은 법인 설립일(전환일)까지 출자되어야 감면대상이 됨[세정－1201, 2005.6.15.].

 (11)  「새로이 설립되는 법인의 자본금」의 범위

 ① 조세특례제한법 제32조 제2항에서 규정한 ‘새로이 설립되는 법인의 자본금’에서의 ‘자본금’이란 법인
의 기업회계기준에 의한 대차대조표상의 자본금을 의미하는 것임[서면4팀－709, 2005.5.7.].

 ② 「조세특례제한법」제32조 제2항 및 동법 시행령 제29조 제4항에서 사업용고정자산을 현물출자하
거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액을 말하며,「조세특례제한법」제32조 제2
항에서 "새로이 설립되는 법인의 자본금"이란 기업회계기준에 의한 대차대조표상의 자본금만을 의미하
는 것임[지방세정팀-6413, 2006.12.22.].

 ③ 조세특례제한법 제32조 제2항 및 같은법 시행령 제29조 제4항 규정에서 「사업용 고정자산을 현물
출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업자의 순자산가액」은 법인전환일 현재의 시가로 평
가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액이라 할 것이므로 새로이 설립되
는 법인의 자본금이란 주식발행초과금 등을 포함한 총자본을 의미한다고 보는 것이 타당하다 판단됨[
세정－1234, 2005.3.21.].
[주]：‘새로이 설립되는 법인의 자본금’의 범위에 대하여 국세청 해석에서는 「대차대조표상의 자본금」으로
지방세 심사에서는 「주식발행초과금 등을 포함한 총자본」으로 해석(③)하였다가, 해석을 ②[대차대조표상
의 자본금]으로 변경하였다..

 (12)   2개 이상의 사업장을 가진 개인이 법인전환하는 경우

 거주자가 조세특례제한법 제32조의 규정에 따라 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도방법에
의하여 법인(같은법 제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로
전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것이며,
동 규정은 각 사업장별로 적용하는 것임[서면4팀－1445, 2004.9.16].

 (13)  창업벤처중소기업 세액감면을 적용받는 개인 기업의 법인전환

 조세특례제한법 제6조 제2항의 규정 적용대상인 개인사업자가 동법 제32조의 규정에 의하여 법인으로
전환하는 경우에는 전환 후 법인이 개인사업자의 잔존 감면기간동안 동법 제6조 제2항의 규정에 의한
세액감면을 적용받을 수 있는 것임[법인46012－1900, 2000.9.9.].

 (14)  창업벤처중소기업 등에 대한 세액감면의 적용:[개인사업 창업일 기준]

 ① 개인이 조세특례제한법 제6조 제3항에 해당하는 업종을 창업하고 동법 제32조 및 동법시행령 제29
조 제2항·제4항에 규정하는 법인전환요건에 따라 중소기업인 법인으로 전환하여 벤처기업육성에 관한
특별조치법 제25조의 규정에 따라 개인사업의 창업일로부터 2년 이내에 벤처기업으로 확인받은 경우
조세특례제한법 제6조 제2항의 규정에 의하여 창업벤처중소기업 세액감면을 받을 수 있는 것임[재조예
46019－200, 2001.12.1.].

 ② 법인전환한 창업벤처중소기업은 개인사업의 창업일로부터 2년 이내에 벤처확인받는 경우에는 세액
감면 적용함[재조예－441, 2004.6.29.].

 (15)  사업양수도와 폐업신고

 거주자가 사업양수도 방식으로 법인전환을 하는 경우, 이미 설립된 법인에 사업과 관련한 자산과 부채
를 양수도하여야 하는 것이며, 사업의 양수도가 종결되면 거주자는 관할세무서에 폐업신고(폐업과 관련
한 납세의무는 별도로 있음)를 하는 것임[제도46012－11032, 2001.5.9.].

 (16)  개인사업 폐업 후 “법인설립시 창업 해당여부”

 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의거 창업중소기업이 당해 사업을 영위하
기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세 등을 면제하도록 규정하고
있으나,
 개인기업을 폐업한 후 개인기업자를 대표이사로 하여 법인을 설립하고 개인기업과 동종의 업종을 영위
하는 경우라면 사실상의 법인전환에 해당되어 창업에 해당되지 아니하는 것임[지방세정담당관－389, 2
003.7.8.].

 (17)  법인전환시 사업용자산에 대한 감가상각의제액상당액의 승계여부

 개인사업자가 소득세법시행령 제68조의 규정에 의한 감가상각의제액이 있는 사업용자산을 현물출자하
여 법인으로 전환하는 경우, 당해 사업용자산에 대한 감가상각의제액상당액은 현물출자된 법인에게 승
계되지 아니하는 것임[서이46012－10524, 2003.3.17.].

4.  개인기업 법인전환 관련 지방세 면제 해석사례

 (1)  나대지를 사업용자산으로 인정한 사례

 사건 토지는 공장용지로서, 비록 외형상 3개 구간으로 계단식으로 조성하여 별개의 토지로 볼 수 있다고
하더라도, 창업계획승인부터 건축물 사용승인시까지 일관되게 이 사건 공장의 부속토지로 조성되었을
뿐만 아니라 관련공부상에도 그 면적으로 등재되어 있기 때문에 이를 분리하여 법인전환시 이 사건 쟁점
토지를 제외하거나 또는 다른 용도의 공장 부속토지로 사용하거나 매각할 수 없는 사정이 내재되어 부
득이 이 사건 공장의 부속토지로서만 사용할 수밖에 없는 여건에 놓여 있고(현재는 이 사건 쟁점 토지에
도로개설계획이 있어서 증설할 수 없다고 함), 최초 개인사업체가 창업시 및 법인전환 후에도 이 사건 쟁
점 토지에 대하여 사업확대에 따른 공장증설계획을 가지고 있는 것이 관련서류 등(설계도서 및 신청
서 등)에서 보여지는 데도,
 조세특례제한법 제119조 제4항에서의 사업양수도방법에 의하여 취득하는 사업용 재산에 대하여 취득
세 등을 면제하는 취지는 실질적으로는 동일한 사업주가 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 재
산이전에 따르는 취득세 등을 부과할 필요가 적음과 더불어 개인사업의 법인전환을 장려함에 있다는 점
(대법원 2003.3.14. 선고, 2002두12182 판결)에 비추어, 단지 나대지상태에 있다고 하여 사업용 재산이
아니라고 하기에는 무리가 있다고 할 것임[행심2007-126, 2007.03.26.]

 (2)  임대용에 공여하던 부동산의 취득세 면제

1)  제목
 사업양수도를 통해 법인 전환하면서 임대용에 공여하던 부동산을 취득하였다면 취득세 및 등록세가 감
 면되는 것임[지방세정팀-2226, 2005.08.18.]

2)  질의 내용
  제조업과 부동산임대업을 영위하던 거주자가 조세특례제한법 제32조의 규정에 의한 사업양수도방법
 에 의하여 법인으로 전환하는 경우 법인이 취득하는 임대용부동산도 취득세 및 등록세감면대상이 되는
 지.

3)  회신 내용
① 조세특례제한법 제119조 제4항 및 제120조 제5항에서 제32조에 규정된 사업양수도에 따라 취득하는
사업용재산에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하면서 단서조항에 등기일부터
2년 이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함
한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다고 규정함.
② 조세특례제한법 제32조의 규정에 의하여 거주자가 영위하던 제조업과 부동산임대업을 사업양수도를
통해 법인으로 전환함에 따라 거주자가 임대용에 공여하던 부동산을 사업양수도에 의거 법인이 취득하
는 경우라면 취득세 및 등록세감면대상이 되는 것임.

 (3)  제조업 및 부동산 임대업자의 법인전환

제조업 및 부동산 임대업 등을 영위하던 거주자가 조세특례제한법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조의 규
정에 따라 법인으로 전환하여 법인의 자본금이 법인전환으로 인하여 소멸되는 사업장의 현물출자일 현
재의 시가로 평가한 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액(순자산가
액) 이상인 경우라면, 그 법인이 현물출자에 따라 취득하는 사업용재산에 대해서는 취득세와 등록세가
감면되는 것이고, 여기에서 「시가」란 상속세 및 증여세법 제61조의 규정에 따라 평가되어 국세청장
등이 고시하는 금액이 아니라, 불특정 다수인사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된
다고 인정되는 가액을 말하는바, 수용ㆍ공매가격 및 감정가액 등 상속세 및 증여세법 시행령 제49조에
의하여 인정되는 것을 포함한다(행자부 행심 제2007-74, 2007.2.26.)고 할 것임[지방세운영과-2042, 2
008.11.04.].
[주]: 부동산 임대업자의 법인 전환시에도 취득세 및 등록세의 면제규정을 적용받는다.

 (4)  현물출자 법인전환시 대도시 등록세 3배 중과규정 적용(법인설립등기·지점등기)

 등록세면제대상은 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산으로서 취득장소가 대도시 내인 경우 등록세
를 중과세하지 않는다는 것이므로 거주자가 현물출자에 의하여 법인으로 전환하면서 법인의 본점소재
지는 대전으로 하고 서울에 지점등기를 하는 경우 법인등기에 대한 등록세는 면제대상이 되지 않는 것이
므로 법인의 본점등기에 대한 등록세는 일반과세되는 것이고, 서울 지점설치에 대한 등록세는 지방
세법 제138조 제1항과 그 제1호 규정에 의거 100분의 300으로 중과세되는 것임[지방세정팀－2388, 20
06.6.12.].

 (5)  취득세 · 등록세 면제분에 대한 농특세(중과세 기준적용)

 「농어촌특별세법」제5조 제1항 제1호에서 「조세특례제한법」에 의하여 취득세와 등록세를 감면받은
경우 감면받은 세액의 100분의 20에 해당하는 세율로 농어촌특별세를 납부하도록 규정하고 있으며, 「지
방세법」제138조 제1항에서 대도시 내에서 법인의 설립과 그 설립 이후의 부동산등기에 대한 세율은 당
해 세율의 100분의 300으로 하여 납부하도록 규정하고 있음.
 「조세특례제한법」제119조 제1항 제7호 및 제120조 제1항 제3호에서 제38조 규정에 의한 현물출자에
따라 취득하는 재산에 대하여 취득세와 등록세를 면제한 후 그 면제세액에 대한 농어촌특별세 납부시
취득세 감면세액에 대한 농어촌특별세는 감면세액의 20%를 납부하면 되는 것이나, 등록세 감면세액
에 대한 농어촌특별세는 현물출자에 의하여 설립되는 법인이 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호
규정에 의한 과밀억제권역인 대도시 내 지역이라면 면제세액의 100분의 20의 3배에 해당하는 금액을 납
부하는 것이 타당함[지방세정팀-255, 2007.1.16.].
[주]:등록세 감면세액에 대하여 농특세를 과세하는 경우, 과밀억제권역 내에서는 면제세액의 100분의 20의 3배
        에 해당하는 금액을 납부하는 것으로 해석하고 있다.

 (6)  임차인이 소비성서비스업을 영위하는 경우

1) 질의 내용

 부동산임대업을 영위하는 개인사업자가 소유한 부동산을 현물출자하여 전환한 법인으로부터 제3자가
동 부동산을 임차하여 호텔업 등 소비성 서n비스업을 영위하는 경우, 취득세와 등록세의 면제대상이 되
는지.

2) 회신 내용

  ①「조세특례제한법」제119조 제1항 제4호와 제120조 제3호 및 동법 제32조 제1항에서 거주자가 사업
용고정자산을 현물출자(제136조 제1항 규정에 의한 소비성 서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)방법
에 의하여 법인으로 전환하면서 취득하는 사업용재산과 이에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를
면제하도록 규정하고 있음.
  ② 상기 규정에서 "「조세특례제한법」제136조 제1항 규정에 의한 소비성 서비스업(도박장·무도장·유흥
주점 등)을 제외한다"라고 함은 개인사업자가 법인전환시 현물출자하는 사업용고정자산이 소비성 서비
스업에 해당하는 경우에 취득세와 등록세의 면제대상이 되지 않는다는 것이므로 부동산임대업을 영위하
는 개인사업자가 소유한 부동산을 현물출자하여 법인으로 전환한 후 전환된 법인으로부터 임대받은 임
차자가 동 부동산에 소비성 서비스업을 영위하는 경우라면 취득세와 등록세 면제에 영향을 미치지 아니
하므로 귀문의 경우는 면제대상이 되는 것이 타당하다 할 것임[지방세정팀-10, 2006.01.02].

자료처 : 이텍스코리아...손상익세무사님