중소기업에 대한 특별세액감면

       중소기업에 대한 특별세액감면(2009년 귀속 법인세 신고)
 
                                                             [필 자 註]
   2009년 사업연도 귀속 법인세신고에 적용되는 중소기업 특별세액 감면에 대하여 관련 법령규정과 해
   석사례를 검토하기로 한다.
 

I.  중소기업 특별세액감면의 개요

 중소기업 특별세액감면제도는 조세특례제한법 제7조 제1항 열거하는 업종의 중소기업에 대하여 소득
세·법인세를 일정한 비율로 감면해주는 제도이다. 지역경제 활성화를 위해 지방중소기업에 대해서는 지
원대상기업과 감면비율을 보다 확대하여 적용하고 있다. 중소기업에 대한 특별세액감면제도는 2011년1
2월31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생하는 소득에 대한 소득세·법인세에 적용
한다[조특법7①].

II.  적용대상 법인

1.  적용대상업종

 다음의 업종을 영위하는 내국인 중 조세특례제한법상의 중소기업이 「중소기업에 대한 특별세액감면
」을 적용 받을 수 있다[조특법7①]. 2008년12월26일 개정에서 제9차 한국표준산업분류를 기준으로 재
분류되었다.

(1)  적용대상 업종

① 작물재배업
② 축산업
③ 어업
④ 광업
⑤ 제조업
⑥ 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다), 원료재생 및 환경복원업
⑦ 건설업
⑧ 도매 및 소매업
⑨ 운수업 중 여객운송업
⑩ 출판업
⑪ 영화ㆍ비디오물 및 방송프로그램 제작업, 영화ㆍ비디오물 및 방송프로그램 제작 관련 서비스업, 영
    화ㆍ비디오물 및 방송프로그램 배급업, 오디오물 출판 및 원판녹음업
⑫ 방송업
⑬ 전기통신업
⑭ 컴퓨터프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업
⑮ 정보서비스업
(16) 연구개발업
(17) 광고업
(18) 그밖의 과학기술서비스업
(19) 포장 및 충전업
(20) 전문디자인업
(21) 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)
(22) 시행령으로 정하는 주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업
(23) 엔지니어링사업
(24) 물류산업
(25)「학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 직업기술분야를 교습하는 학원을 영위하
        는 사업
(26) 자동차정비공장을 운영하는 사업
(27)「해운법」에 따른 선박관리업
(28)「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업(의원ㆍ치과의원 및 한의원은 제외한다. 이하  "의료업
        "이라 한다)
(29)「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점 및 외국인전용유흥음식점업은 제외한다.)
(30)「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업
(31)「전시산업발전법」에 따른 전시산업
(32) 인력공급 및 고용알선업
(33) 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업
(34)「에너지이용 합리화법」제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업
[주]: (32) ∼(34) 업종추가에 대한 개정규정은 2010년1월1일 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다[
        2010.1.1. 법률 제9921호 부칙1, 2].

(2)  적용대상 업종의 추가 설명

  1)  주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업

 "주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업"이란 위탁자로부터 주문자상표부착방식에 따른 제품생산을 위
탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산ㆍ공급하는 사업을 말한다. (2009.2.4. 개정)

  2)  자동차정비업

 "자동차정비공장"이란 조세특례제한법 시행령 제54조[공장의 범위] 제1항 규정에 따른 자동차정비공
장을 말한다. (2009.2.4. 개정)

(3)  업종분류의 기준

조세특례제한법에서 사용되는 업종의 분류는 조세특례제한법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는
「통계법」제22조 의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다. 다만, 한국표준
산업분류가 변경되어 조세특례제한법 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종은 한국표준산업분류
가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특
례를 적용한다[조특법2③].

2.  겸업하는 중소기업의 경우 업종적용

 조세특례제한법상의 중소기업으로서 감면대상업종을 주업종으로 하지 않는 경우에도 감면대상업종에
한하여 중소기업 특별세액감면을 적용 받을 수 있다.

 조세특례제한법 시행령 제2조의 규정에 의한 중소기업이 같은 법 제7조에 열거된 사업(주된 사업이 아
닌 경우도 포함)을 하는 경우 당해 사업의 소득금액에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 하는 것
이며, 건설업에 해당하는 아파트분양사업은 당해 사업에 대하여 법인세법 제40조에 규정된 손익의 귀속
사업연도에 의하여 계산된 당해 과세연도의 소득금액에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 하는
것임[서이46012－10184, 2002.1.31.].

3.  위탁가공생산의 경우 제조업해당여부

(1)  조세특례제한법 시행규칙 제2조 제1항의 내용

 「제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업」이라 함은 자기가 제품을 직접 제조하지
아니하고 제 조업체(사업장이 국내 또는 개성공업지구에 소재하는 업체에 한한다)에 의뢰하여 제조하
는 사업으로서 그 사업이 다음의 요건을 모두 충족하는 경우를 말한다[2009.4.7.개정].

 ① 생산할 제품을 직접 기획(고안·디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것
 ② 당해 제품을 자기명의로 제조할 것
 ③ 당해 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것

[주]: 2006년4월17일 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제1항의 내용을 개정하면서, 수탁제조업체의 범위를 「사
        업장이 국내에 소재하는 것에 한한다」라고 하여, 조세특례제한법 통칙의 내용을 받아 들였다. 반면에, 2
        008.4.29. 개정 시행규칙에서 개성공업지구도 수탁업체의 소재지 범위에 포함하였다.
[주]: 개성공업지구를 포함하는 시행규칙 개정규정은 2008년4월29일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다[2008.
        4.29. 기획재정부령 제16호 부칙1, 3].

(2)  조세특례제한법 기본통칙의 내용

 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 다른 제조업체(국내기업인 경우에 한한다)에 의뢰하여 제조하
는 경우로서 다음의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제조업을 영위하는 것으로 본다[조특통4－2…4].

 ① 생산할 제품을 직접 기획(고안 및 디자인, 견본제작 등을 포함한다)할 것
 ② 그 제품을 자기명의로 제조할 것
 ③ 그 제품을 인수하여 자기 책임하에 직접 판매할 것

(3)  유의할 사항

 조세특례제한법 시행규칙의 내용과 동법 기본통칙[4-2…4]의 내용에 따라서, 국내의 법인이 국외의 제
조업체에 의뢰하여 위탁제조를 하는 경우에는 국내의 해당 법인이 제조업으로 분류되지 못하고, 도매업
으로 분류된다. 제조업과 도매업은 「중소기업 특별세액감면」적용시에 「감면율」이 다르다는 점에 유
의하여야 한다.

 내국법인이 해외에 있는 제조업체에 위탁하여 제품을 생산하는 경우 조세특례제한법시행령 제2조 제1항의 중
소기업의 범위는 도매업으로 분류하는 것이며, 이 경우 같은법시행령 제6조 제5항의 상시 사용하는 종업원수
가 10명 미만인 경우에는 소기업으로 같은법 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용하는 것임[서면2팀-1309, 2
006.07.12.].

 

III.  업종별 감면율의 적용 및 감면세액 계산

 중소기업 특별세액감면의 감면율은 당해 중소기업 또는 소기업이 수도권내에서 사업을 영위하는가 그
렇지 않은가에 따라서 다르게 적용하도록 하고 있다[조세특례제한법 제7조 제1항]. 2004년말부터 법률
이 개정되어, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권(“
수도권”)안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 감면비율을 적용한다
[조 특법7①].

1.  수도권내외에 따른 업종별 감면율 구분

(1)  본점 · 주사무소가 수도권내에 소재하는 경우

감 면 업 종	수도권 내외의 모든 사업장에 대한 감면율
① 「도매업 등」을 영위하는 사업장	소기업에 한하여 10%의 감면율 적용
② 「지식기반산업」을 영위하는 사업장	소기업 20%(중기업 10%) 감면율 적용
③ 상기 ①,②외의 업종 영위사업장	소기업에 한하여 20% 감면율 적용

(2)  본점 · 주사무소가 수도권 외의 지역에 소재하는 경우

감 면 업 종	수도권 내의 사업장 감면율	수도권 외의 사업장 감면율
① 「도매업 등」영위 사업장	소기업에 한해 10% 감면	소기업 10% (중기업 5%)
② 「지식기반산업」영위사업장	소기업 20% (중기업 10%)	소기업 30% (중기업 15%)
③ 상기 ①,②외의 업종	소기업에 한해 20% 감면	소기업 30% (중기업 15%)

[주]：「도매업 등」이란 도매업·소매업·의료업·자동차정비업·관광산업을 말한다. 조특법 개정으로 2010.1.1.이
           후 자동차정비업·관광산업은 「도매업 등」에서 제외되었다.
[주]：「지식기반산 업」의 범위는 다음과 같다.
     ㉠ 엔지니어링사업·전기통신업·연구개발업·컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업
     ㉡ 영화ㆍ비디오물 및 방송프로그램 제작업·전문디자인업·오디오물 출판 및 원판 녹음업·광고업 중
          광고물 작성업
     ㉢ 소프트웨어 개발 및 공급업·방송업·정보서비스업

[주]: 2008년2월22일 개정 조특법 시행령에서 지식기반산업의 범위에 ㉡이 포함되었다. 해당 개정 법령 중 소득
        세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제8827호 조세특례제한법 일부개정법률(이하 "개정법률"이라 한다
        ) 시행[2008.1.1.] 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다[2008.2.22. 대통령령 제20620호 부칙2].
[주]: 2010년2월18일 조특법 시행령 개정에서 상기 ㉠,㉡에 해당 하는 업종의 명칭이 일부 개정되었으며, ㉢에
        해당하는 업종이 지식기반산업의 범위에 포함되었다. 개정 규정은 법률 제9921호 조세특례제한법 일부
        개정법률 시행[2010.1.1.]후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다[2010.2.18. 대통령령 제22037호 부칙2].

(3)  유의할 사항

 법인의 본점이 수도권내에 있는 경우에는 해당 법인의  모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보
아 감면율을 적용한다. 2010년부터 자동차정비업·관광산업은 「도매업 등」에서 제외되었지만, 2009년
사업연도에는 자동차정비업·관광산업을  「도매업 등」으로 분류하어 감면율을 적용한다.「소프트웨어
개발 및 공급업·방송업·정보서비스업」이 지식기반산업에 포함되었지만, 2010년 사업연도에 적용될 내
용이다.
 

2.  수도권의 범위

(1)  수도권의 범위에 대한 법령규정

 중소기업에 대한 특별세액감면에서의 「수도권」의 범위는 수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에
의한 수도권 을 말한다[조특법7①,2①(9)].

(2)  해석사례

수도권정비계획법 제2조 제1호의 수도권이란 「서울특별시와 인천광역시 및 경기도 지역」을 의미한
다[수도권정비계획 법 시행령 제2조]. 따라서 남동공단, 반월공단, 시화공단 등 각종 공단도 수도권에
포함된다[서이46012－10733, 2001.12.14.].

3.  소기업의 범위

(1)  업종구분에 대한 개정

업종별 상시 종업원수를 기준으로 소기업을 판정하는데, 개정된 소기업판정기준을 확인하면 다음과 같
다.

  ① 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우 : 상시 종업원수 100명 미만일 것
  ② 광업·건설업·출판업·축산업·물류산업 또는 운송업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에    
      는 50명 미만일 것
[주]: 2009년2월4일 조세특례제한법 시행령개정으로 「출판업」이 종전의 ①제조업에서 ②로 분류되었다.
[주]: 2009년4월21일 조세특례제한법 시행령개정에서 「축산업」이 종전의 ③[기타 업종]의 분류에서 ②로 분
        류되었다.
 ③ 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

 여기에서 「상시 사용하는 종업원수」는 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자(주주인 임원, 일
용근로자 및 기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 연구전담요원을 제
외한다)수로 하며, 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원
을 기준으로 하여 계산한다[조특칙2②].

(2)  졸업기준 도입

 상기 업종별 상시종업원수의 기준에 해당하더라도 해당 기업의 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소
기업으로 보지 아니한다[조특령6⑤]. (2009.2.4. 개정)

(3)  개정법령의 적용시기 및 적용례

  1)  출판업을 주된 사업으로 하는 경우 2009년 법인결산에서의 적용

2009년2월4일 조세특례제한법 시행령 개정으로「출판업」이 종전의 ① 제조업에서 ②로 분류된 개정규
정은 2010년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다[2009.2.4. 대통령령 제21307호 부칙1,
4]. 따라서 2009년 귀속 법인결산에서는 「출판업」업종을 주된 사업으로 하는 경우에 상시 종업원수가
100명 미만이면 소기업에 해당한다.

  2)  축산업을 주된 사업으로 하는 경우 2009년 법인결산에서의 적용

 2009년4월21일 조세특례제한법 시행령개정에서 「축산업」이 종전의 ③[기타 업종]의 분류에서 ②로
분류된 개정규정은 2009년4월21일이 속하는 과세연도의 소득분부터 적용한다[2009.4.21. 대통령령 제
21429호 부칙1,2]. 따라서 「축산업」을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 2009년 귀속 법인결산에서
상시종업원수가 10명이상이 되더라도 개정 규정에 따라 50명미만에 해당하는 경우에는 소기업으로 인
정되며 「중소기업 특별세액감면」에서 보다 유리한 감면율을 적용받게 된다.

  3)  졸업기준의 적용

 소기업 졸업기준(매출액 100억원 이상에 해당하는 경우 소기업에서 제외하는 규정)의 개정규정은 200
9년2월 4일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다[2009.2.4. 대통령령 제21307호 부칙1, 4]. 따라서
12월말 결산법인으로서 2009년1월1일에 개시한 사업연도에는 해당 졸업기준을 적용받지 아니한다. 즉,
2009년1월1일에 개시하는 2009년 귀속 사업연도에는 매출액이 100억원 이상에 해당하더라도 업종별 상
시종업원수가 소기업기준에 해당하면, 소기업으로서 「중소기업 특별세액감면」규정을 적용받을 수
있는 것이다.

4.  해석 사례

(1)  수도권 안에서 제조업과 소매업을 겸영하는 경우

 수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권 안에서 제조업을 주된 사업으로 하고 소매업을 겸
영하는 중소기업인 법인이 조세특례제한법시행령 제6조 제3항 규정에 의한 “소기업”에 해당하는 경우
조세특례제한법 제7조의 규정에 따라 각각의 감면소득에 대하여 중소기업특별세액감면의 감면율을 적
용하는 것임[서이－1546, 2004.7.21.].

(2)  수도권내에서 수도권 외의 지역으로 이전하는 경우

 ① 수도권안의 법인의 본사를 공장이 있는 수도권외 지역으로 이전하는 경우에는 이전하는 과세연도
부 터 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인에 해당한다[재조예46019－176, 2001.10.20.].

 ② 조세특례제한법 제7조 제1항(2001. 12. 29 법률 6538호로 개정된 것)의 규정을 적용함에 있어서 수
도 권안에서 사업을 영위하는 중소기업이 사업연도중에 본점을 수도권외의 지역으로 이전한 경우 이전
일이 속하는 사업연도의 개 시일부터 같은 항 제2호의 “수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국
인”에 해당하는 것임[서이46012－11528, 2002.8.17.].

(3)  중소기업과 소기업에 대한 유예기간 적용여부

 ① 조세특례제한법 제7조(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)의 중소기업에 대한 특별세
액 감면 규정을 적용함에 있어서 중소기업으로 보는 유예기간의 적용은 같은 법 시행령 제2조의 규정
을 적용하는 것이며, 이 경우 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호[수도권내]의 “소기업”이란 같은 법 시
행 령 제6조 제3항의 요건을 충족하는 기업을 말하는 것으로 중소기업 중 상시 사용하는 종업원수가 소
기업의 기준요건을 초과하는 경우에는 같은 법 제7조 제1항 제1호의 규정에 의한 수도권안의 중소기업
에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없는 것임[서이46012－10002, 2002.1.2.].

 ② 수도권의 소기업이 규모의 증대로 소기업에 해당하지 아니하는 경우 유예기간은 적용되지 아 니하
는 것임[서이46012－10348, 2001.10.12.].

5.  감면세액의 계산

(1)  감면세액의 계산 산식

 법인세 감면을 적용하는 경우에 그 감면되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액
에 감면대상소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율(100%를 초과하지 못한다)을 곱하여 산출한 금액
에 감면율을 곱하여 계산한다[법법59②].

감면대상소득   감면세액 = 법인세산출세액 × ----------------  ×  [감면율(5%∼30%)]                                                   과 세표준금액

(2)  감면대상소득금액

 위의 산식에서 「감면대상 소득금액」이란 소득구분계산서에서 계산된 감면사업의 과세표준을 의미한
다. 소득구분계산은 바로 「감면대상 사업의 소득(과세표준)」을 산출하기 위한 과정인 것이다.

 

IV.  감면대상소득금액 및 과세표준의 계산

1.  소득구분계산의 근거규정과 소득구분계산의 개요

(1)  소득구분계산의 근거규정

 중소기업에 대한 특별세액감면은 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 대하여 적용
하는 것이므로 감면사업과 기타 사업을 함께 겸영하는 경우에는 소득구분계산을 하여야 한다. 조세특례
제한법 시행령 제136조에서는 소득구분과 관련하여 법인세법 제113조의 규정을 준용하도록 하고 있고
, 법인세법 시행규칙 제75조·제76조 및 법인세법 기본통칙[113－156…6]에 의하여 소득구분계산이 이루
어진다.

 조세특례제한법 제143조 제1항에 규정하는 사업[감면사업]과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 있어서
조세특례제 한법 시행령 제136조 제1항의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법시행령 제156조 및
같은 법시행규칙 제75조의 규정을 준용하는 것으로 구분경리 대상법인의 익금과 손금의 구분계산은 조
세특례제한법 및 다른 법에 특별히 정한 것을 제외하고는 법인세법기본통칙 113－156…6에 의한다[조
특통143－0…1].

(2)  소득구분계산의 개요

 먼저 감면사업과 기타(과세)사업을 구분하고, 각각의 사업에 개별적으로 배부할 수 있는 개별익금과 개
별손금을 확인하여 직접 배부한다. 그 다음 공통익금과 공통손금을 집계한 후에는 배부기준을 적용하여
감면사업과 기타(과세)사업에 배분한다. 이 경우 주의할 사항은 손익계산서의 수익과 비용만을 배부하
는 것이 아니라, 소득금액 조정합계표의 세무조정항목 및 법인세 과세표준 및 조정계산서의 기부금조정
항목도 배부하여야 하며, 이월결손금·비과세·소득공제도 감면사업과 기타(과세)사업에 구분 배부하여야
한다는 점이다.

(3)  유의할 사항

제조업의 단일 업종을 영위하는 경우에도 소득구분계산서를 작성할 필요가 있다. 영업외수익 중 상당부
분(예 : 이자수익, 수입배당금 등)은 감면대상 사업의 소득으로 인정되지 아니하기 때문이다. 예외적인
사항이기는 하지만, 특정 법인이 영업손실이 발생한 상태에서 영업외수익이 존재하여 당기순이익이 발
생하더라도 소득구분계산서를 작성하게 되면 감면대상 사업의 과세표준이 부(負)의 값으로 나타나므로
중소기업 특별세액감면을 적용받을 수 없게 된다. 따라서 단일 업종으로 영위하는 기업도 소득구분계
산서의 작성이 필요하다.

2.  개별손익과 공통손익 등의 구분:[소득구분계산]

 개별손익과 공통손익의 구분은 법인세법 기본통칙[113－156…6]을 적용하여 구분한다.
 중소기업 특별세액감면을 적용 받고자 하는 기업이 감면사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에는 법
인세법 기본통칙[113－156…6]을 준용하여 개별익금·공통익금, 개별손금·공통손금을 구분하여 집계한
다.

(1)  개별익금 또는 공통익금

  1)  감면사업 또는 기타(과세)사업에 직접 배분하는 개별익금

 ① 매출액 또는 수입금액은 소득구분계산의 기준으로서 이는 개별익금으로 구분한다.
 ② 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생하는 부수수익은 개별익금으로 구분하며, 예시하면
     다음과 같다.
  ㉠ 부산물·작업폐물의 매출액
  ㉡ 채무면제익
  ㉢ 원가차익
  ㉣ 채권추심익
  ㉤ 지출된 손금 중 환입된 금액
  ㉥ 준비금 및 충당금의 환입액

  2)  과세사업의 개별익금

 영업외수익과 특별이익 중 과세사업의 개별익금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.

  ㉠ 수입배당금
  ㉡ 수입이자
  ㉢ 유가증권처분이익
  ㉣ 수입임대료
  ㉤ 가지급금인정이자
  ㉥ 고정자산처분익
  ㉦ 자산수증익

  3)  공통익금

 감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 수익이나 귀속이 불분명한 부수수익은 공통익금으로 구분
하 며, 예시하면 다음과 같다.

  ㉠ 귀속이 불분명한 부산물·작업폐물의 매출액
  ㉡ 귀속이 불분명한 원가차익, 채무면제익
  ㉢ 공통손금의 환입액
  ㉣ 기타 개별익금으로 구분하는 것이 불합리한 수익

(2)  개별손금 또는 공통손금

  1)  감면사업 또는 기타(과세)사업에 직접 배분하는 개별손금

 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생한 비용은 당해 사업의 개별손금으로 구분하며, 예시하
면 다음과 같다.

  ㉠ 매출원가
  ㉡ 특정사업에 전용되는 고정자산에 대한 제비용
  ㉢ 특정사업에 관련하여 손금산입하는 준비금·충당금전입액
  ㉣ 기타 귀속이 분명한 제비용

  2)  과세사업의 개별손금

 영업외비용과 특별손실 중 과세사업의 개별손금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.

  ㉠ 유가증권 처분손실
  ㉡ 고정자산 처분손실

  3)  공통손금

 감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 비용이나 귀속이 불분명한 비용은 공통손금으로 구분하며
, 예시하면 다음과 같다.

  ㉠ 사채발행비 상각
  ㉡ 사채할인발행차금 상각
  ㉢ 기타 개별손금으로 구분하는 것이 불합리한 비용

(3)  실제의 용도에 따라 구분되는 항목

  1)  차입금이자의 구분

 차입금의 지급이자는 차입한 자금의 실제 사용용도를 기준으로 사실 판단하여 과세 및 감면사업의 개
별 또는 공통손금으로 구분한다.

  2)  외환차손익의 구분

① 사업과 직접 관련되는 외환차손익

 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련되는 외환차손익은 당해 사업의 개별손익으로 구분한다.

② 외상매출금의 회수와 관련된 외환차손익

 외상매출채권의 회수와 관련된 외환차손익(공사수입의 본사 송금거래로 인한 외환차손익 포함)은 외
국환은행에 당해 외화를 매각할 수 있는 시점까지는 당해 외상매출채권이 발생된 사업의 개별손익으
로 하고 그 이후에 발생되는 외환차손익은 과세사업의 개별손익으로 구분한다.

③ 기타의 외화채권 관련 외환차손익

 외상매출채권을 제외한 기타 외화채권과 관련하여 발생하는 외환차손익은 과세사업의 개별손익으로
구분 한다.

④ 외상매입채무의 변제와 관련된 외환차손익

 외상매입채무의 변제와 관련된 외환차손익은 당해 외상매입 채무와 관련된 사업의 개별손익으로 구
분한 다.

⑤ 기타 외화채무와 관련 외환차손익

 외상매입채무를 제외한 기타 외화채무와 관련하여 발생하는 외환차손익은 외화채무의 용도에 따라 감
면사업 또는 과세사업의 개별손익으로 구분하고, 용도가 불분명한 경우에는 공통손익으로 구분한다.

⑥ 외화표시 유가증권 관련 외환차손익

 외환증서, 외화표시예금, 외화표시유가증권 등과 관련하여 발생하는 외환차손익은 과세사업의 개별손
익 으로 구분한다.

⑦ 손익수정에 따른 외환차손익

 감면사업의 손익수정에 따른 외환차손익은 감면사업의 개별손익으로 구분한다.

3.  공통익금과 공통손금의 배분(안분계산)

 감면사업과 기타 사업으로 구분하여 집계한 공통익금과 공통손금의 배분은 법인세법 시행규칙 제76조
제6항 및 7항을 적용하여 안분계산한다[법인세법 시행규칙 제75조 제2항]. 즉, 감면대상사업과 기타 사
업의 손익을 구분 경리하는 경우, 공통익금과 공통손금은 다음과 같이 구분계산 한다[법인세법 시행규
칙 제76조 제6항].

(1)  공통익금：[수입금액기준 안분계산]

 감면사업과 기타 사업의 공통익금은 감면사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계
산한다.

(2)  공통손금

  1)  동일업종의 경우：[수입금액기준 안분계산]

 감면사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 감면사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매
출액에 비례하여 안분계산한다.

  2)  동일업종이 아닌 경우：[개별손금액 기준 안분계산]

 감면사업과 기타 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 감면사업과 기타 사업의 개별 손금액에 비례
하여 안분계산한다.

[주]：중소기업 특별세액감면은 업종별로 감면사업을 적용하는 것이므로, 감면사업과 기타의 과세사업은 동일
          업종이 아닌 경우에 해당한다.

(3)  수개의 업종을 겸영하는 법인의 공통손익의 안분계산

 수 개의 업종을 겸영하고 있는 법인의 공통손익은 먼저 업종별로 안분계산하고 다음에 동일업종내의 공
통손익을 안분계산한다[법인세법 기본통칙113－156…5].

4.  이월결손금·비과세소득·소득공제(“공제액 등”)의 구분공제

 감면세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 「이월결손금·비과세소득 또는 소
득공제액」(“공 제액 등”이라 한다)이 있는 경우 이를 감면사업의 소득과 기타과세의 사업의 소득에서 공
제하여야 한다. 이 경우 감면대상 소득(“감면대상사업의 과세표준”을 의미함)은 다음과 같이 계산한다[
법령96①].

(1)  “공제액 등”이 감면사업에서 발생하는 경우

 “공제액 등”이 감면사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액을 감면사업 발생소득에서 공제한다.

감면대상소득 ＝ 감면사업의 각 사업연도 소득 － “공제액 등”

(2)  “공제액 등”이 발생한 사업이 불분명한 경우

 “공제액 등”이 감면사업에서 발생한 것인 지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계
산한 금액을 감면소득에서 공제한다.

감 면사업의 소득    감면대상소득 ＝ 감면사업의 각 사업연도 소득 － “공제액 등” ×  -----------------                                                                                                    각 사업연도 소득

5.  소득구분계산서의 작성

 위에서 설명한 방법에 따라 소득구분 계산한 결과는 소득구분계산서[법인세법 시행규칙(별지 제48호
서식)]에 집계된다. 실무적으로는 「소득구분계산의 부속명세서」를 먼저 작성하고 그 결과를 이용하
여 소득구분계산서를 작성한다. 구체적인 순서를 열거하면 다음과 같다.

 ① 손익계산서의 수익과 비용을 소득구분계산 부속명세서의 합계란에 기재한다.

 ② 세무조정항목을 항목별로 구분하여 소득구분계산 부속명세서의 합계란에 기재한다.[소득금액조정
     합계표], [법인세과세표준 및 조정계산서]에 표시되어 있는 세무조정항목을 소득구분계산서 부속
     명세서의 합계란에 이기 하되, 익금산입·손금산입항목은 손익계산서 항목의 수익과 비용에 가산하
     는 형식으로 기재하며, 익금불산입·손금불산입항목은 손익계산서 항목의 수익과 비용에서 차감하는
     형식으로 기재한다.

 ③ 상기①～②에 집계된 각 항목 중 개별익금·개별손금은 감면사업과 기타 과세사업에 직접 배분한다.

 ④ 상기 ①～②에 집계된 각 항목 중 공통익금·공통손금은 앞에서 설명한 배분기준을 적용하여 안분계
     산하여 감면사업과 기타의 과세사업에 배분한다.

 ⑤ 과세표준 계산상 공제되는 세무상 ‘이월결손금·비과세소득·소득공제항목’(“공제액 등”)도 감면사업
     과 기타의 과세사업에서 구분하여 공제한다.

 위의 소득구분계산 후 감면사업과 과세사업에서 산출된 과세표준의 합계는 「법인세 과세표준 및 조정
 계산서」의 과세표준과 일치하여야 한다.

6.  해석 사례

(1)  중계무역(도매업)에 의한 수입금액이 발생되는 경우

 제조업을 영위하는 법인이 법인세법시행규칙 제76조 제6항의 규정에 의하여 감면사업과 기타사업에 공
통되는 손익을 구분경리함에 있어, 당해 사업과는 별도로 수출을 목적으로 재화를 수입하여 제3국으로 수
출하는 중계무역(도매업)에 의한 수입금액이 발생되는 경우, 공통익금은 수입금액(중계무역으로 발생
된 것을 포함)에 비례하여, 공통손금은 감면사업과 기타사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산하는
것임[서이46012－11271, 2003.7.7.].

(2) 수 개의 업종을 겸영하고 있는 법인의 공통손익 안분계산

 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 법인세법 제113조 및 같은법시행령 제156조
를 준용하여 구분경리하여야 하는 것으로서, 수 개의 업종을 겸영하고 있는 법인의 공통손익은 먼저 업
종별로 안분계산하고 다음에 동일업종내의 공통손익을 안분계산하는 것이며, 이 경우 서로 다른 업종
에 대한 공통손금은 업종별 개별 손금액에 비례하여 안분계산하는 것임[서이46012－11261, 2003.7.4.].

(3)  본점과 지점의 공통손금에 대한 안분계산

 본점과 지점에 공통적으로 관련되는 부서는 총무팀만으로 보여지는 경우, 본점과 지점의 공통손금은
본점의 판매비와 일반관리비 전액으로 볼 것이 아니라 총무팀에 관련되는 비용으로 보는 것이 타당하다
. 그런데도 본점과 지점의 공통손금을 본점의 판매비와 일반관리비로 보아 동 공통손금 전액을 본점과
지점의 매출원가 비례로 안분계산하여 과세한 처분은 잘못이 있다[국심2002부2190, 2003.5.13.].

(4)  가수금의 포기로 발생한 채무면제이익의 구분

 대표이사 가수금의 포기로 인한 법인의 채무면제익은 ‘감면사업（제조업）’의 개별 또는 공통익금으로
볼 수 없고 ‘과세사업（기타사업）’의 개별익금으로 함[국심2002부98, 2002.4.12.].

(5)  감면사업과 직접 관련되어 발생한 채무면제익의 처리

 중소기업특별세액감면 적용시 감면사업과 직접 관련되어 발생한 채무면제이익은 감면사업으로 구분
경리한다[서면2팀 －745, 2005.5.31.].

(6)  소득구분계산에 대한 기본통칙의 정당성 여부

 조세특례제한법 제7조의 제조업 등에 대한 특별세액감면을 계산함에 있어 ① 「수입이자」를 전액 과
세사업의 개별익금으로 하여 감면세액을 산정한 처분이 적법타당한지 여부와 ② 감면사업과 기타사업
의 소득구분을 법인세법 기본통칙에서 정하고 있는 것은 납세자의 예측가능성과 법적 안정성을 침해하
는 것으로 이를 과세근거로 한 건은 그 처분을 취소해야 한다는 청구인의 주장에 대하여, 국세심판원은
「중소제조업 등에 대한 특별세액감면액 계산시, 수입이자를 과세사업의 개별익금으로 구분하며, 감면
사업과 기타사업의 소득구분방법을 규정한 법인세법기본통칙은 정당」하며, 납세자의 예측가능성이나
법적 안정성을 침해한다고 볼 수 없고, 이는 위임입법사항이 아니라고 해석하고 있다[국심2002부1318
, 2002.9.12.].

(7)  외환차손익·기부금 등에 대한 소득구분

 외화를 차입해 감면사업인 제조업에 사용하는 기계를 수입한 경우, 그 외화차입금의 환율조정차상각액
은 감면사업의 개별손금이며, 당해 법인의 사업과 직접 관련없이 지출한 기부금은 감면사업과 기타사업
의 공통손금에 해당함[재경부 법인46012－58, 2002.3.26.].

(8)  판매장려금에 대한 감면소득 적용여부

 조세특례제한법 제7조 제1항의 규정을 적용함에 있어 레미콘 제조업을 영위하는 거주자가 원재료 매
입처인 시멘트제조업체로부터 지급받는 판매장려금은 동 규정에 따른 감면소득에 해당하는 것임[서면
1팀-1398, 2007.10.11.].

V.  추계과세시 감면적용여부 및 경정청구 등

1.  추계과세시 등의 중소기업 특별세액감면 적용여부

(1)  추계과세시 중소기업 특별세액감면 적용

 추계에 의해 세액을 계산하는 경우에는 조세특례제한법 제128조 제1항의 규정에 의하여 조세특례제한
법의 각종 조세지원이 적용 배제되지만, 「중소기업 특별세액감면」은 추계에 의하여 세액을 계산하는
경우에도 감면을 적용받는다[조특법128①].
법인세 신고시기에는 추계를 적용하는 일이 거의 없으므로 본 규정이 중요한 의미가 없지만, 개인사업
자의 종합소득세 신고시기에는 고려의 대상이 된다.

(2)  기한후 신고시 중소기업 특별세액감면 적용배제

 납세자가 과세표준 신고를 하지 아니하여 과세권자가 과세표준을 결정하는 경우와 국세기본법 제45조
의3에 의하여 기한후 신고를 하는 경우에는 중소기업 특별세액감면을 적용하지 아니한다[조특법128②].

(3)  세무조사 결정·경정시 중소기업 특별세액감면 적용배제

 소득세법 제80조[결정 및 경정] 제1항 또는 법인세법 제66조[결정 및 경정] 제1항의 규정에 의하여 결
정 을 하는 경우와 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항의 규정에 의하여 경정을 하는 경
우에는 중소기업 특별세액감면을 적용하지 아니한다[조특법128②,③]

(4)  세무조사 사전통지 받은 후 수정신고시 세액감면 적용배제

 국세기본법 제81조의6[세무조사의 사전통지와 연기신청]의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후
수정신고를 하는 경우에는 중소기업 특별세액감면을 적용하지 아니한다[조특법128③].

2.  경정청구시 중소기업 특별세액감면 가능여부

 경정청구 기한내에 중소기업에 대한 특별세액감면신청서를 첨부하여 경정청구를 하는 경우에 중소기
업 특별세액 감면을 적용받을 수 있는 것으로 해석된다.

 종합소득과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자로서 조세특례제한법 제7조(중소기업에 대한
특별세액감면)에 대한 감면을 신청하지 아니하여 감면을 받지 못한 경우 법정신고기한경과 후 2년(현행
3년) 이내에 경정 등의 청구를 하여 감면을 적용받을 수 있는 것임[서일－1333, 2004.9.24.].

 중소제조업 등에 대한 특별세액감면에 있어 그 감면신청서를 당초 신고시 제출하지 않고 경정청구시
감면신청해도 감면됨[감심99－300, 1999.9.21.].

3.  증액경정결정시의 중소기업 특별세액감면의 적용

 ① 조세특례제한법 제128조 제3항에 의하여 과세관청이 경정을 하는 경우에는 과소신고금액에 대하여
     같은법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없는 것이나, 수정신고를 하는 경우는
     과소신고금액에 대하여도 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임[서일－1493, 20
     04.11.5.].

 ② 중소제조업에 대한 특별세액 감면적용에 있어 폐업연도전의 소득이 폐업일 이후의 경정으로 인해
     증가된 경우, 그 증가된 소득분은 세액감면대상 아님[국심2001서805, 2001.12.6.].

 

VI.  중복적용의 배제 및 최저한세의 적용

1.  중복적용의 배제

 중소기업에 대한 특별세액감면은 다음과 같은 두 가지 측면에서 다른 조세감면 등과 중복적용이 배제
되므로 유의하여야 한다.

(1)  투자세액공제와의 중복적용의 배제

  1)  투자세액공제 등과의 중복적용배제

 「중소기업에 대한 특별세액감면」]은 「대부분의 투자세액공제」와 중복하여 적용할 수 없다[조세특
례제한법 제127조 제4항]. 투자세액공제와 중복적용을 배제하는 것이므로 다음에 해당하는 세액공제와
는 중복적용이 가능하다.

 ① 연구 및 인력개발비 세액공제[조특법 10]
 ② 기업의 어음제도개선에 대한 세액공제[조특법 7의2]
 ③ 특허권 등 취득에 대한 세액공제[조특법12②]

  2)  이월되는 투자세액공제와의 중복적용 가능

 ① 조세특례제한법 제127조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 같은법 제26조의 규정에 의한 임시투자세
     액공제액이 발생되었으나 최저한세의 적용으로 인하여 이월된 공제세액이 있는 경우, 동 이월공제세
     액은 같은법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면과 중복하여 적용받을 수 있는 것임[서이4601
     2－11761,2003.10.10., 서이－18, 2005.1.3.].

 ② 조세특례제한법 제144조 제1항에서 “당해 과세연도에 납부할 세액이 없다”는 의미는 산출세액이 없
     어 투자세액공제를 적용할 수 없는 경우를 의미하는 것이며, 또한 조세특례제한법 제127조 제4항의
     규정에 따라 세액감면과 투자세액공제가 동일사업연도에 발생하여 적용할 수 있는 경우에는 그 중 하
    나만을 선택하여 적용받을 수 있으며, 투자세액공제는 당해 연도 이전에 발생하여 이월된 것이고, 세
    액감면은 당해 사업연도에 발생한 경우에는 두 가지를 동시에 적용할 수 있는 것임[서이－18, 2005.
    1.3.].

(2)  감면상호간 중복적용의 제한

 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 다음의 조세특례제한법상 감면 중 둘 이상의 규정이 적용
되 는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다[조세특례제한법 제127조 제5항].

 ① 기간감면：적용시한내에 일정기간에만 적용되는 다수의 세액감면
 ② 중소기업에 대한 특별세액감면[조특법 7]
 ③ 외국인 투자(증자 포함) 등에 대한 법인세 등 감면[조특법 121의2, 121의4]

2.  최저한세의 적용

 중소기업 특별세액감면은 조세특례제한법 제132조 제1항의 규정에 의하여 최저한세 규정을 적용받는
다[조특법 132①]. 「최저한세 적용으로 감면 받지 못하는 세액」은 다음 사업연도에 이월되지 않고 소
멸한다.

3.  해석사례

(1)  동일 사업장내의 별도 공장에 대하여 각각 다른 감면 적용

 동일부지 내에 공장이 있더라도 각 제품별로 제조설비 및 공장건물을 별도로 설치하고 제조공정이 서로
무관한 제품을 생산하여 구분경리가 가능한 경우에는 공장별로 각각 다른 감면을 선택하여 적용받을 수
있다[조특통127－0…2].

(2)  창업중소기업 세액감면과 중복적용 배제 관계

  1)  창업중소기업 세액감면의 적용요건이 미비되는 경우

 제조업을 영위하는 중소기업이 창업중소기업세액감면에 대한 요건미비 등으로 동 감면이 배제되는 사
업연도에는 중소제조업 등에 대한 특별세액감면의 적용이 가능한 것으로 해석하고 있다[법인46012－
518, 2001.3.10.].

  2)  사업장별로 서로 다른 세액감면의 적용 여부

 법인이 제조업의 사업장（공장）별로 「창업중소기업에 대한 감면」과 「중소제조업 등에 대한 특별세
액감면」을 각각 선택해 감면세액을 계산함은 정당하고, 각 공장별 제조업소득을 합산해 「중소제조업
등에 대한 특별세액감면세액」을 계산해야 하는 것은 아님[국심2001부2726, 2002.4.8.].

 

VII.  농어촌특별세비과세 및 감면세액에 대한 사후관리

1.  중소기업에 대한 특별세액감면과 농어촌특별세 비과세

농어촌특별세법 제4조[비과세] 해당 규정이 개정되어 「중소기업에 대한 특별세액감면」은 농어촌특별
세 비과세를 적용받는다.

2.  감면세액 상당액의 사후관리

(1)  감면세액 상당액에 대한 사후관리의무 폐지

 2002년12월11일 개정 공포된 조세특례제한법에서는 동법 제145조[기업합리화 적립금의 적립(감면세
액의 사후관리)]가 삭제되었고, 동 개정규정의 적용시기는 당해 조세특례제한법 공포일이 속하는 과세
연도에 감면 등을 받는 분부터 적용하도록 하고 있다[조세특례제한법 개정법률 제6762호 부칙 제25조
제1항]. 따라서 중소기업특별세액감면을 적용받는 경우에 당해 감면에 대하여 감면세액상당액의 사후
관리의무를 부담하지 않는다.

(2)  종전의 기업합리화적립금의 임의처분가능

 조세특례제한법(2002. 12. 11 법률 제6762호로 개정된 것) 제145조 및 제146조의 규정을 적용함에 있어
서 종전의 조세특례제한법 제145조의 규정에 의한 기업합리화적립금이 있는 내국법인의 경우 2002. 1
2. 11 이후부터는 동 기업합리화적립금을 이월결손금의 보전이나 자본에의 전입에 사용하지 아니하고 처
분하는 경우에도 처분한 당해 기업합리화적립금 상당액을 추징하지 아니하는 것임[서이46012－10646
, 2003.3.28.].

 

VIII.  감면신청 및 공제감면서식의 작성

1.  세액감면신청의 제출과 감면요건

(1)  세액감면신청서의 제출

 중소기업에 대한 특별세액감면규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신
고와 함께 조세특례제한법 시행규칙 [별지 제2호 서식]의 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게
제출하여야 한다.

(2)  세액감면신청서를 제출하지 못한 경우의 감면여부

 해석사례에 의하면, 세액감면을 감면받고자 하는 내국인은 감면을 신청하여야 하지만, 감면신청을 하지
않는 경우에도 감면요건이 충족되는 경우에는 세액을 감면하는 것이 타당한 것으로 보고 있다[국심200
0서2348, 2001.5.21.]. 그러나 세액감면을 받고자 하는 경우에 감면신청서를 누락하지 않고 제출하도록
하여야 할 것이다.

2.  공제감면 관련서식의 작성

 중소기업 특별세액감면을 적용받고자 하는 경우에는 조세특례제한법의 서식인 [세액감면신청서]을
작성 제출함과 동시에, 법인세법 시행규칙 서식인 공제감면세액계산서(2)[별지 제8호 서식 부표2]에 그
내용을 기재하고, 공제감면세액및추가납부계산서(갑)[별지 제8호 서식(갑)]에 집계하여 법인세과세표
준 및 세액조정계산서에 반영하도록 하여야 할 것이다. 또한 감면사업에서 발생한 과세표준을 확인하는
자료도 필요할 것이므로 앞에서 설명한 소득구분계산서[법인세법 시행규칙 (별지 제48호 서식)]도 첨
부하여야 한다.

 

출처 : 이택스코리아